WikiDer > U2AF2

U2AF2
U2AF2
Белок U2AF2 PDB 1jmt.png
Доступные конструкции
PDBПоиск ортолога: PDBe RCSB
Идентификаторы
ПсевдонимыU2AF2, U2AF65, U2 малой ядерной РНК вспомогательный фактор 2
Внешние идентификаторыOMIM: 191318 MGI: 98886 ГомолоГен: 110853 Генные карты: U2AF2
Расположение гена (человек)
Хромосома 19 (человек)
Chr.Хромосома 19 (человек)[1]
Хромосома 19 (человек)
Геномное расположение U2AF2
Геномное расположение U2AF2
Группа19q13.42Начинать55,654,146 бп[1]
Конец55,674,715 бп[1]
Экспрессия РНК шаблон
PBB GE U2AF2 218382 s в формате fs.png

PBB GE U2AF2 218381 s в формате fs.png
Дополнительные данные эталонного выражения
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez
Ансамбль
UniProt
RefSeq (мРНК)

NM_001012478
NM_007279

NM_001205231
NM_133671

RefSeq (белок)

NP_001012496
NP_009210

NP_001192160
NP_598432

Расположение (UCSC)Chr 19: 55.65 - 55.67 МбChr 7: 5.06 - 5.08 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Фактор сплайсинга U2AF субъединица 65 кДа это белок что у людей кодируется U2AF2 ген.[5]

Функция

Вспомогательный коэффициент U2 (U2AF), состоящий из большого и маленький субъединица представляет собой белок, не являющийся snRNP, необходимый для связывания snRNP U2 с участком разветвления пре-мРНК. Этот ген кодирует большую субъединицу U2AF, которая содержит специфичную для последовательности РНК-связывающую область с 3 мотивами распознавания РНК и богатый Arg / Ser домен, необходимый для сплайсинга. Большая субъединица связывается с полипиримидиновым трактом интроны рано во время сплайсосома сборка. Несколько альтернативно сращенный Варианты транскриптов были обнаружены для этого гена, но к настоящему времени определена полноразмерная природа только двух.[6]

У людей и других четвероногих было показано, что без U2AF2 процесс сплайсинга подавляется. Однако в данио и другие костистые кости в Сплайсинг РНК процесс все еще может происходить на определенных генах в отсутствие U2AF2. Это может быть связано с тем, что 10% генов имеют чередующиеся пары оснований TG и AC в 3'-сайте сплайсинга (3'ss) и 5'-сайте сплайсинга (5'ss) соответственно на каждом интроне, что изменяет вторичную структуру РНК и влияет на сварку.[7]

Взаимодействия

U2AF2 был показан взаимодействовать с:

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000063244 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000030435 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ Заморе П.Д., Паттон Дж. Г., Грин М.Р. (март 1992 г.). «Клонирование и доменная структура фактора сплайсинга U2AF млекопитающих». Природа. 355 (6361): 609–14. Дои:10.1038 / 355609a0. PMID 1538748. S2CID 4332390.
  6. ^ «Ген Entrez: вспомогательный фактор 2 малой ядерной РНК U2AF2 U2».
  7. ^ Lin CL, Taggart AJ, Lim KH, Cygan KJ, Ferraris L, Creton R, Huang YT, Fairbrother WG (январь 2016 г.). «Структура РНК заменяет необходимость в U2AF2 при сплайсинге». Геномные исследования. 26 (1): 12–23. Дои:10.1101 / гр.181008.114. ЧВК 4691745. PMID 26566657.
  8. ^ а б c d Руал Дж. Ф., Венкатесан К., Хао Т., Хирозане-Кишикава Т., Дрикот А., Ли Н., Беррис Г. Ф., Гиббонс Ф. Д., Дрезе М., Айви-Гедехуссу Н., Клитгорд Н., Саймон К., Боксем М., Мильштейн С., Розенберг Дж., Голдберг DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (октябрь 2005 г.). «К карте протеомного масштаба сети взаимодействия белок-белок человека». Природа. 437 (7062): 1173–8. Дои:10.1038 / природа04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.
  9. ^ Юинг Р.М., Чу П., Элизма Ф, Ли Х, Тейлор П., Клими С., МакБрум-Цераевски Л., Робинсон, доктор медицины, О'Коннор Л., Ли М., Тейлор Р., Дхарси М., Хо Й, Хейлбут А., Мур Л., Чжан S, Орнатски O, Бухман YV, Ethier M, Sheng Y, Vasilescu J, Abu-Farha M, Lambert JP, Duewel HS, Stewart II, Kuehl B, Hogue K, Colwill K, Gladwish K, Muskat B, Kinach R, Adams С.Л., Моран М.Ф., Морин Г.Б., Топалоглоу Т., Фигейз Д. (2007). «Крупномасштабное картирование белок-белковых взаимодействий человека с помощью масс-спектрометрии». Мол. Syst. Биол. 3: 89. Дои:10.1038 / msb4100134. ЧВК 1847948. PMID 17353931.
  10. ^ Берглунд Дж. А., Абович Н., Росбаш М. (март 1998 г.). «Кооперативное взаимодействие между U2AF65 и mBBP / SF1 способствует распознаванию области ветвления». Genes Dev. 12 (6): 858–67. Дои:10.1101 / gad.12.6.858. ЧВК 316625. PMID 9512519.
  11. ^ Абович Н., Росбаш М. (май 1997 г.). «Кросс-интронные мостиковые взаимодействия в коммитирующем комплексе дрожжей сохраняются у млекопитающих». Клетка. 89 (3): 403–12. Дои:10.1016 / s0092-8674 (00) 80221-4. PMID 9150140. S2CID 18466775.
  12. ^ Чжан WJ, Wu JY (октябрь 1996 г.). «Функциональные свойства p54, нового белка SR, активного в конститутивном и альтернативном сплайсинге». Мол. Клетка. Биол. 16 (10): 5400–8. Дои:10.1128 / MCB.16.10.5400. ЧВК 231539. PMID 8816452.
  13. ^ Чжан WJ, Wu JY (февраль 1998 г.). «Sip1, новый белок, содержащий домен RS, необходимый для сплайсинга пре-мРНК». Мол. Клетка. Биол. 18 (2): 676–84. Дои:10.1128 / MCB.18.2.676. ЧВК 108778. PMID 9447963.
  14. ^ Ван Х.Й., Лин В., Дайк Дж.А., Йикли Дж. М., Сонъян З., Кэнтли Л.С., Фу XD (февраль 1998 г.). «SRPK2: дифференциально экспрессируемая протеин-специфическая киназа SR, участвующая в опосредовании взаимодействия и локализации факторов сплайсинга пре-мРНК в клетках млекопитающих». J. Cell Biol. 140 (4): 737–50. Дои:10.1083 / jcb.140.4.737. ЧВК 2141757. PMID 9472028.
  15. ^ Чжан М., Заморе П.Д., Кармо-Фонсека М., Ламонд А.И., Грин М.Р. (сентябрь 1992 г.). «Клонирование и внутриклеточная локализация малой субъединицы вспомогательного фактора ядерного рибонуклеопротеина U2». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 89 (18): 8769–73. Дои:10.1073 / пнас.89.18.8769. ЧВК 50002. PMID 1388271.
  16. ^ Дэвис Р.К., Кальвио С., Братт Э., Ларссон С.Х., Ламонд А.И., Хасти Н.Д. (октябрь 1998 г.). «WT1 взаимодействует с фактором сплайсинга U2AF65 изоформ-зависимым образом и может быть включен в сплайсосомы». Genes Dev. 12 (20): 3217–25. Дои:10.1101 / gad.12.20.3217. ЧВК 317218. PMID 9784496.

дальнейшее чтение