WikiDer > Вспомогательный фактор малой ядерной РНК U2 1

U2AF1
Доступные конструкции
PDB	Human UniProt search: PDBe RCSB
Список идентификационных кодов PDB
	1JMT
Идентификаторы
Псевдонимы	U2AF1, FP793, RN, RNU2AF35, U2AFBP, U2 малой ядерной РНК вспомогательный фактор 1
Внешние идентификаторы	OMIM: 191317 ГомолоГен: 134334 Генные карты: U2AF1
Расположение гена (человек)
Chr.	Хромосома 21 (человека)
Конец	43,107,587 бп
Экспрессия РНК шаблон
	Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология
Молекулярная функция	• связывание ионов металлов; • GO: 0001948 связывание с белками; • связывание нуклеиновой кислоты; • связывание пре-мРНК с сайтом 3'-сплайсинга; • Связывание РНК; • Привязка домена RS;
Сотовый компонент	• Тело Кахала; • ядерное пятнышко; • каталитическая стадия 2 сплайсосомы; • U2AF; • нуклеоплазма; • сплайсосомальный комплекс; • ядро клетки;
Биологический процесс	• прекращение транскрипции РНК-полимеразы II; • положительное регулирование доставки белка в митохондрии; • обработка мРНК; • экспорт мРНК из ядра; • регуляция аутофагии митохондрии; • Сплайсинг РНК; • Обработка 3'-конца мРНК; • Экспорт РНК из ядра; • Сплайсинг мРНК через сплайсосомы;
	Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
	7307
	н / д
	ENSG00000160201
	н / д
	Q01081; P0DN76
	н / д
	NM_001025203; NM_001025204; NM_006758
	н / д
NP_001307575; NP_001307577; NP_001307579; NP_001307580; NP_001020374;
	NP_001020375; NP_006749; NP_001020374; NP_001020375; NP_006749
	н / д
	Викиданные
Просмотр / редактирование человека

U2 small nuclear RNA auxiliary factor 1

Фактор сплайсинга U2AF субъединица 35 кДа это белок что у людей кодируется U2AF1 ген.^[3]^[4]^[5]

Функция

Этот ген принадлежит к фактору сплайсинга. SR семейство генов^{[нужна цитата]}. U2AF1 является субъединицей комплекса вспомогательных факторов U2 наряду с более крупной субъединицей, U2AF2. U2AF1 представляет собой белок, не относящийся к snRNP, необходимый для связывания snRNP U2 с участком разветвления пре-мРНК. Этот ген кодирует небольшую (~ 35 кДа) субъединицу, которая играет важную роль в сплайсинге РНК, узнавая и связываясь с нуклеотидами AG в 3 ’сайте сплайсинга, чтобы облегчить сборку сплайсосомы. ^[6] Альтернативно сращивание варианты транскрипции, кодирующие разные изоформы были идентифицированы^{[нужна цитата]}. Соматические мутации в U2AF1 были обнаружены в ряде раковых заболеваний человека, с характерным паттерном этих мутаций на цинковых пальцах, что указывает на функциональную роль в процессе отбора ^[7]. При раке легких эти мутации влияют на альтернативный сплайсинг нескольких транскриптов, включая онкогенные слияния ROS1.^[8]

Взаимодействия

Было показано, что вспомогательный фактор 1 малой ядерной РНК U2 взаимодействовать с участием:

использованная литература

^ ^а ^б ^c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000160201 - Ансамбль, Май 2017
^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
^ Lalioti MD, Gos A, Green MR, Rossier C, Morris MA, Antonarakis SE (январь 1997 г.). «Ген малой субъединицы 35 кДа (U2AF1) вспомогательного фактора U2 snRNP человека отображается на критическую область прогрессирующей миоклонической эпилепсии (EPM1) на хромосоме 21q22.3». Геномика. 33 (2): 298–300. Дои:10.1006 / geno.1996.0196. PMID 8660980.
^ Калчева И., Пласс С., Саит С., Эдди Р., Шоу Т, Уоткинс-Чоу Д., Кампер С., Шибата Х, Уэда Т., Такаги Н. (декабрь 1994 г.). «Сравнительное картирование импринтированного гена U2afbpL на хромосоме 11 мыши и хромосоме 5 человека». Cytogenet Cell Genet. 68 (1–2): 19–24. Дои:10.1159/000133881. PMID 7956352.
^ «Ген Entrez: вспомогательный фактор 1 малой ядерной РНК U2AF1 U2».
^ Заморе П.Д., Грин М.Р. (1989). «Идентификация, очистка и биохимическая характеристика вспомогательного фактора малых ядерных рибонуклеопротеидов U2». PNAS. 86 (23): 9243–9247. Дои:10.1073 / пнас.86.23.9243. ЧВК 298470. PMID 2531895.Ву С., Ромфо С.М., Нильсен Т.В., Грин М.Р. (1999). «Функциональное распознавание 3'-сайта сплайсинга AG фактором сплайсинга U2AF35». Природа. 402 (6763): 832–5. Дои:10.1038/45590. PMID 10617206.
^ Имелински М., Бергер А.Г., Хаммерман П.С., Эрнандес Б., Пью Т.Дж., Ходис Э., Чо Дж., Сух Дж., Капеллетти М., Сиваченко А., Сугнез К., Оклер А., Лоуренс М.С., Стоянов П., Цибульскис К., Чой К., де Ваал Л., Шарифния Т, Брукс А., Грейлих Х, Банерджи С., Зандер Т., Зайдель Д., Лендерс Ф., Ансен С., Людвиг С., Энгель-Ридель В., Штулбен Е., Вольф Дж., Гопарджу К., Томпсон К., Винклер В., Квятковски D, Johnson BE, Jänne PA, Miller VA, Pao W, Travis WD, Pass HI, Gabriel SB, Lander ES, Thomas RK, Garraway LA, Getz G и др. (2012). «Картирование признаков аденокарциномы легкого с помощью параллельного секвенирования». Ячейка. 150 (6): 1107–1120. Дои:10.1016 / j.cell.2012.08.029.
^ Исфахани М.С., Ли Л.Дж., Чон Ю.Дж., Флинн Р.А., Штер Х., Хуи А.Б. и др. (Декабрь 2019 г.). «Функциональное значение мутации U2AF1 S34F в аденокарциномах легких». Nature Communications. 10 (1): 5712. Bibcode:2019НатКо..10.5712E. Дои:10.1038 / с41467-019-13392-у. ЧВК 6911043. PMID 31836708.
^ Сяо Ш., Мэнли Дж. Л. (ноябрь 1998 г.). «Фосфорилирование-дефосфорилирование по-разному влияет на активность фактора сплайсинга ASF / SF2». EMBO J. 17 (21): 6359–67. Дои:10.1093 / emboj / 17.21.6359. ЧВК 1170960. PMID 9799243.
^ Чжан WJ, Wu JY (октябрь 1996 г.). «Функциональные свойства p54, нового белка SR, активного в конститутивном и альтернативном сплайсинге». Мол. Cell. Биол. 16 (10): 5400–8. Дои:10.1128 / MCB.16.10.5400. ЧВК 231539. PMID 8816452.
^ Золотухин А.С., Тан В., Медведь Дж., Смулевич С., Фельбер Б.К. (февраль 2002 г.). «U2AF участвует в связывании TAP (NXF1) с мРНК». J. Biol. Chem. 277 (6): 3935–42. Дои:10.1074 / jbc.M107598200. PMID 11724776.
^ Маита Х, Китаура Х, Кин Т.Дж., Инглхерн С.Ф., Арига Х., Игучи-Арига С.М. (ноябрь 2004 г.). «PAP-1, мутированный ген, лежащий в основе формы доминантного пигментного ретинита RP9, является фактором сплайсинга». Exp. Cell Res. 300 (2): 283–96. Дои:10.1016 / j.yexcr.2004.07.029. PMID 15474994.
^ Little JT, Юрица MS (март 2008 г.). «Фактор сплайсинга SPF30 связывает взаимодействие между пресплицеосомным белком U2AF35 и трехмалым ядерным рибонуклеопротеидным белком hPrp3». J. Biol. Chem. 283 (13): 8145–52. Дои:10.1074 / jbc.M707984200. PMID 18211889.
^ Руал Дж. Ф., Венкатесан К., Хао Т., Хирозане-Кишикава Т., Дрикот А., Ли Н., Беррис Г. Ф., Гиббонс Ф. Д., Дрезе М., Айви-Гедехуссу Н., Клитгорд Н., Саймон К., Боксем М., Мильштейн С., Розенберг Дж., Голдберг DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (октябрь 2005 г.). «К карте протеомного масштаба сети взаимодействия белка и белка человека». Природа. 437 (7062): 1173–8. Bibcode:2005 Натур.437.1173R. Дои:10.1038 / природа04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.
^ Чжан М., Заморе П.Д., Кармо-Фонсека М., Ламонд А.И., Грин М.Р. (сентябрь 1992 г.). «Клонирование и внутриклеточная локализация малой субъединицы вспомогательного фактора ядерного рибонуклеопротеина U2». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 89 (18): 8769–73. Bibcode:1992PNAS ... 89.8769Z. Дои:10.1073 / пнас.89.18.8769. ЧВК 50002. PMID 1388271.
^ Адамс Диджей, ван дер Вейден Л., Майеда А., Штамм С., Моррис Б. Дж., Раско Дж. Э. (июль 2001 г.). «ZNF265 - новый сплайсосомный белок, способный вызывать альтернативный сплайсинг». J. Cell Biol. 154 (1): 25–32. Дои:10.1083 / jcb.200010059. ЧВК 2196870. PMID 11448987.

дальнейшее чтение

Чжан М., Заморе П.Д., Кармо-Фонсека М., Ламонд А.И., Грин М.Р. (1992). «Клонирование и внутриклеточная локализация малой субъединицы вспомогательного фактора ядерного рибонуклеопротеина U2». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 89 (18): 8769–8773. Bibcode:1992PNAS ... 89.8769Z. Дои:10.1073 / пнас.89.18.8769. ЧВК 50002. PMID 1388271.
Заморе П.Д., Грин М.Р. (1991). «Биохимическая характеристика вспомогательного фактора U2 snRNP: важного фактора сплайсинга пре-мРНК с новым внутриядерным распределением». EMBO J. 10 (1): 207–14. Дои:10.1002 / j.1460-2075.1991.tb07937.x. ЧВК 452631. PMID 1824937.
Ву JY, Маниатис Т. (1994). «Специфические взаимодействия между белками, участвующими в выборе сайта сплайсинга, и регулируемым альтернативным сплайсингом». Ячейка. 75 (6): 1061–1070. Дои:10.1016 / 0092-8674 (93) 90316-И. PMID 8261509. S2CID 22951690.
Цзуо П., Маниатис Т. (1996). «Фактор сплайсинга U2AF35 опосредует важные белок-белковые взаимодействия в конститутивном и энхансер-зависимом сплайсинге». Genes Dev. 10 (11): 1356–1368. Дои:10.1101 / гад.10.11.1356. PMID 8647433.
Хонг В., Беннетт М., Сяо И., Фельд Крамер Р., Ван С., Рид Р. (1997). «Ассоциация U2 snRNP со сплайсосомным комплексом E». Нуклеиновые кислоты Res. 25 (2): 354–361. Дои:10.1093 / nar / 25.2.354. ЧВК 146436. PMID 9016565.
Tronchère H, Ван Дж, Fu XD (1997). «Белок, связанный с фактором сплайсинга U2AF35, который взаимодействует с белками U2AF65 и SR при сплайсинге пре-мРНК». Природа. 388 (6640): 397–400. Bibcode:1997Натура.388..397Т. Дои:10.1038/41137. PMID 9237760. S2CID 4386808.
Ван Х.Й., Лин В., Дайк Дж.А., Йикли Дж.М., Сонъян З., Кэнтли Л.С., Фу XD (1998). «SRPK2: дифференциально экспрессируемая белок-специфическая киназа SR, участвующая в опосредовании взаимодействия и локализации факторов сплайсинга пре-мРНК в клетках млекопитающих». J. Cell Biol. 140 (4): 737–750. Дои:10.1083 / jcb.140.4.737. ЧВК 2141757. PMID 9472028.
Руднер Д.З., Канаар Р., Брегер К.С., Рио, округ Колумбия (1998). «Взаимодействие между субъединицами гетеродимерного фактора сплайсинга U2AF необходимо in vivo». Мол. Cell. Биол. 18 (4): 1765–73. Дои:10.1128 / MCB.18.4.1765. ЧВК 121406. PMID 9528748.
Лаллена MJ, Мартинес C, Valcárcel J, Correas I (1998). «Функциональная ассоциация ядерного белка 4.1 с факторами сплайсинга пре-мРНК». J. Cell Sci. 111 (14): 1963–71. PMID 9645944.
Гозани О, Поташкин Дж, Рид Р. (1998). «Потенциальная роль взаимодействий U2AF-SAP 155 в привлечении U2 snRNP на сайт филиала». Мол. Cell. Биол. 18 (8): 4752–60. Дои:10.1128 / mcb.18.8.4752. ЧВК 109061. PMID 9671485.
Нойбауэр Г., Кинг А., Раппсилбер Дж., Кальвио С., Уотсон М., Аджу П., Слиман Дж., Ламонд А., Манн М. (1998). «Масс-спектрометрия и поиск в базе данных EST позволяют охарактеризовать мультибелковый сплайсосомный комплекс». Nat. Genet. 20 (1): 46–50. Дои:10.1038/1700. PMID 9731529. S2CID 585778.
Сяо Ш., Мэнли Дж. Л. (1999). «Фосфорилирование-дефосфорилирование по-разному влияет на активность фактора сплайсинга ASF / SF2». EMBO J. 17 (21): 6359–6367. Дои:10.1093 / emboj / 17.21.6359. ЧВК 1170960. PMID 9799243.
de Vries H, Rüegsegger U, Hübner W, Friedlein A, Langen H, Keller W (2000). «Фактор расщепления пре-мРНК человека II (m) содержит гомологи дрожжевых белков и связывает два других фактора расщепления». EMBO J. 19 (21): 5895–5904. Дои:10.1093 / emboj / 19.21.5895. ЧВК 305781. PMID 11060040.
Гама-Карвалью М., Карвалью М.П., Келенбах А., Валкарсель Дж., Кармо-Фонсека М. (2001). «Нуклеоцитоплазматическое перемещение гетеродимерного фактора сплайсинга U2AF». J. Biol. Chem. 276 (16): 13104–13112. Дои:10.1074 / jbc.M008759200. PMID 11118443.
Адамс DJ, ван дер Вейден Л., Майеда А., Штамм С., Моррис Б. Дж., Раско Дж. Э. (2001). «ZNF265 - новый сплайсосомный белок, способный вызывать альтернативный сплайсинг». J. Cell Biol. 154 (1): 25–32. Дои:10.1083 / jcb.200010059. ЧВК 2196870. PMID 11448987.
Уилл С.Л., Шнайдер С., Макмиллан А.М., Катоподис Н.Ф., Нойбауэр Г., Вильм М., Люрманн Р., Query CC (2001). «Новый белок snRNP U2 и U11 / U12, который связывается с участком разветвления пре-мРНК». EMBO J. 20 (16): 4536–4546. Дои:10.1093 / emboj / 20.16.4536. ЧВК 125580. PMID 11500380.
Несич Д., Кремер А. (2001). «Домены в человеческих факторах сплайсинга SF3a60 и SF3a66, необходимые для связывания с SF3a120, сборки 17S U2 snRNP и образования пресплицеосом». Мол. Cell. Биол. 21 (19): 6406–6417. Дои:10.1128 / MCB.21.19.6406-6417.2001. ЧВК 99788. PMID 11533230.
Исфахани М.С., Ли Л.Дж., Чон Й.Дж., Флинн Р., Штер Х., Хуэй А., Ишисоко Н., Килдебек Э., Ньюман А.М., Братман С.В., Портеус М.Х., Чанг Х.Й., Ализаде А.А., Дин М. (2019). «Функциональное значение мутации U2AF1 S34F в аденокарциномах легких». Nature Communications. 10 (1): 5712. Bibcode:2019НатКо..10.5712E. Дои:10.1038 / с41467-019-13392-у. ЧВК 6911043. PMID 31836708.

внешние ссылки

Обзор всей структурной информации, доступной в PDB для UniProt: Q01081 (Фактор сплайсинга U2AF субъединица 35 кДа) на PDBe-KB.

[refGRCh38Ensembl-1] а ^б ^c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000160201 - Ансамбль, Май 2017

[2] "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[pmid8660980-3] Lalioti MD, Gos A, Green MR, Rossier C, Morris MA, Antonarakis SE (январь 1997 г.). «Ген малой субъединицы 35 кДа (U2AF1) вспомогательного фактора U2 snRNP человека отображается на критическую область прогрессирующей миоклонической эпилепсии (EPM1) на хромосоме 21q22.3». Геномика. 33 (2): 298–300. Дои:10.1006 / geno.1996.0196. PMID 8660980.

[pmid7956352-4] Калчева И., Пласс С., Саит С., Эдди Р., Шоу Т, Уоткинс-Чоу Д., Кампер С., Шибата Х, Уэда Т., Такаги Н. (декабрь 1994 г.). «Сравнительное картирование импринтированного гена U2afbpL на хромосоме 11 мыши и хромосоме 5 человека». Cytogenet Cell Genet. 68 (1–2): 19–24. Дои:10.1159/000133881. PMID 7956352.

[entrez-5] «Ген Entrez: вспомогательный фактор 1 малой ядерной РНК U2AF1 U2».

[6] Заморе П.Д., Грин М.Р. (1989). «Идентификация, очистка и биохимическая характеристика вспомогательного фактора малых ядерных рибонуклеопротеидов U2». PNAS. 86 (23): 9243–9247. Дои:10.1073 / пнас.86.23.9243. ЧВК 298470. PMID 2531895.Ву С., Ромфо С.М., Нильсен Т.В., Грин М.Р. (1999). «Функциональное распознавание 3'-сайта сплайсинга AG фактором сплайсинга U2AF35». Природа. 402 (6763): 832–5. Дои:10.1038/45590. PMID 10617206.

[7] Имелински М., Бергер А.Г., Хаммерман П.С., Эрнандес Б., Пью Т.Дж., Ходис Э., Чо Дж., Сух Дж., Капеллетти М., Сиваченко А., Сугнез К., Оклер А., Лоуренс М.С., Стоянов П., Цибульскис К., Чой К., де Ваал Л., Шарифния Т, Брукс А., Грейлих Х, Банерджи С., Зандер Т., Зайдель Д., Лендерс Ф., Ансен С., Людвиг С., Энгель-Ридель В., Штулбен Е., Вольф Дж., Гопарджу К., Томпсон К., Винклер В., Квятковски D, Johnson BE, Jänne PA, Miller VA, Pao W, Travis WD, Pass HI, Gabriel SB, Lander ES, Thomas RK, Garraway LA, Getz G и др. (2012). «Картирование признаков аденокарциномы легкого с помощью параллельного секвенирования». Ячейка. 150 (6): 1107–1120. Дои:10.1016 / j.cell.2012.08.029.

[8] Исфахани М.С., Ли Л.Дж., Чон Ю.Дж., Флинн Р.А., Штер Х., Хуи А.Б. и др. (Декабрь 2019 г.). «Функциональное значение мутации U2AF1 S34F в аденокарциномах легких». Nature Communications. 10 (1): 5712. Bibcode:2019НатКо..10.5712E. Дои:10.1038 / с41467-019-13392-у. ЧВК 6911043. PMID 31836708.

[pmid9799243-9] Сяо Ш., Мэнли Дж. Л. (ноябрь 1998 г.). «Фосфорилирование-дефосфорилирование по-разному влияет на активность фактора сплайсинга ASF / SF2». EMBO J. 17 (21): 6359–67. Дои:10.1093 / emboj / 17.21.6359. ЧВК 1170960. PMID 9799243.

[pmid8816452-10] Чжан WJ, Wu JY (октябрь 1996 г.). «Функциональные свойства p54, нового белка SR, активного в конститутивном и альтернативном сплайсинге». Мол. Cell. Биол. 16 (10): 5400–8. Дои:10.1128 / MCB.16.10.5400. ЧВК 231539. PMID 8816452.

[pmid11724776-11] Золотухин А.С., Тан В., Медведь Дж., Смулевич С., Фельбер Б.К. (февраль 2002 г.). «U2AF участвует в связывании TAP (NXF1) с мРНК». J. Biol. Chem. 277 (6): 3935–42. Дои:10.1074 / jbc.M107598200. PMID 11724776.

[pmid15474994-12] Маита Х, Китаура Х, Кин Т.Дж., Инглхерн С.Ф., Арига Х., Игучи-Арига С.М. (ноябрь 2004 г.). «PAP-1, мутированный ген, лежащий в основе формы доминантного пигментного ретинита RP9, является фактором сплайсинга». Exp. Cell Res. 300 (2): 283–96. Дои:10.1016 / j.yexcr.2004.07.029. PMID 15474994.

[pmid18211889-13] Little JT, Юрица MS (март 2008 г.). «Фактор сплайсинга SPF30 связывает взаимодействие между пресплицеосомным белком U2AF35 и трехмалым ядерным рибонуклеопротеидным белком hPrp3». J. Biol. Chem. 283 (13): 8145–52. Дои:10.1074 / jbc.M707984200. PMID 18211889.

[pmid16189514-14] Руал Дж. Ф., Венкатесан К., Хао Т., Хирозане-Кишикава Т., Дрикот А., Ли Н., Беррис Г. Ф., Гиббонс Ф. Д., Дрезе М., Айви-Гедехуссу Н., Клитгорд Н., Саймон К., Боксем М., Мильштейн С., Розенберг Дж., Голдберг DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (октябрь 2005 г.). «К карте протеомного масштаба сети взаимодействия белка и белка человека». Природа. 437 (7062): 1173–8. Bibcode:2005 Натур.437.1173R. Дои:10.1038 / природа04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.

[pmid1388271-15] Чжан М., Заморе П.Д., Кармо-Фонсека М., Ламонд А.И., Грин М.Р. (сентябрь 1992 г.). «Клонирование и внутриклеточная локализация малой субъединицы вспомогательного фактора ядерного рибонуклеопротеина U2». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 89 (18): 8769–73. Bibcode:1992PNAS ... 89.8769Z. Дои:10.1073 / пнас.89.18.8769. ЧВК 50002. PMID 1388271.

[pmid11448987-16] Адамс Диджей, ван дер Вейден Л., Майеда А., Штамм С., Моррис Б. Дж., Раско Дж. Э. (июль 2001 г.). «ZNF265 - новый сплайсосомный белок, способный вызывать альтернативный сплайсинг». J. Cell Biol. 154 (1): 25–32. Дои:10.1083 / jcb.200010059. ЧВК 2196870. PMID 11448987.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

Navigation