WikiDer > PyMOL

PyMOL
PyMOL
PyMOL logo.svg
Экземпляр PyMOL с видимым средством просмотра и графическим интерфейсом.
Экземпляр PyMOL с видимым средством просмотра и графическим интерфейсом.
Оригинальный автор (ы)Уоррен Лайфорд ДеЛано
Разработчики)Schrödinger, Inc.
изначальный выпуск2000; 20 лет спустя (2000)
Стабильный выпуск
2.4.0[1] / 20 мая 2020; 6 месяцев назад (2020-05-20)
Репозиторий
Отредактируйте это в Викиданных
Написано вC, C ++, Python
Операционная системаКроссплатформенность: macOS, Unix, Linux, Windows
ПлатформаIA-32, x86-64
Доступно ванглийский
ТипМолекулярное моделирование
ЛицензияPython[2]
Интернет сайтпимол.org/2/

PyMOL является Открытый исходный код система молекулярной визуализации, созданная Уоррен Лайфорд ДеЛано. Первоначально он был коммерциализирован DeLano Scientific LLC, частной компанией-разработчиком программного обеспечения, занимавшейся созданием полезных инструментов, которые стали общедоступными для научного и образовательного сообщества. В настоящее время коммерциализируется Schrödinger, Inc. PyMOL может создавать высококачественные 3D-изображения небольших молекулы и биологические макромолекулы, такие как белки. Согласно первоначальному автору, к 2009 году почти четверть всех опубликованных изображений трехмерных белковых структур в научной литературе была сделана с использованием PyMOL.[нужна цитата]

PyMOL - один из немногих модель с открытым исходным кодом инструменты визуализации, доступные для использования в структурная биология. В Py часть программного обеспеченияИмя относится к программе, написанной на языке программирования. Python.

PyMOL использует Библиотека OpenGL Extension Wrangler (GLEW) и FreeGLUT, и может решить Уравнения Пуассона – Больцмана. с помощью адаптивного решателя Пуассона-Больцмана.[3] PyMOL использовал Тк для Виджеты GUI и имел родной Аква двоичные файлы для macOS через Шредингер, которые были заменены PyQt пользовательский интерфейс на всех платформах с выходом версии 2.0.[4]

История и коммерциализация

Ранние версии PyMol были выпущены под Лицензия Python. 1 августа 2006 г. DeLano Scientific приняла систему загрузки с контролируемым доступом для предварительно скомпилированных сборок PyMOL (включая бета-версии), распространяемых компанией. Доступ к этим исполняемые файлы теперь доступны только зарегистрированным пользователям, которые платят клиентам; образовательные сборки доступны для студентов и преподавателей бесплатно. Однако большая часть нынешних исходный код по-прежнему доступен бесплатно, как и старые предварительно скомпилированные сборки. Хотя системы сборки для других платформ открыты, Windows API (WinAPI, Win32) системы сборки нет, хотя неофициальные двоичные файлы Windows доступны в Интернете.[5] Любой может либо компилировать исполняемый файл из исходного кода, лицензированного Python, или оплатить подписку на службы поддержки, чтобы получить доступ к предварительно скомпилированным исполняемым файлам.

8 января 2010 г. Schrödinger, Inc. достигнута договоренность о приобретении PyMOL. Фирма взяла на себя разработку, обслуживание, поддержку и продажу PyMOL, включая все действующие на тот момент подписки. Они также продолжают активно поддерживать сообщество разработчиков открытого исходного кода PyMOL. В 2017 году Шредингер модернизировал систему распространения, чтобы унифицировать пользовательский интерфейс под Qt и управление пакетами в Анаконда, и выпустил его как PyMol v2.[4] Эта версия ограничивает некоторые новые функции и добавляет водяной знак к визуализации, если она используется без лицензии после 30-дневного пробного периода; общая лицензионная политика аналогична системе DeLano. Исходный код остается в основном доступным, на этот раз под лицензией типа BSD.[6] Как и в предыдущем выпуске, неофициальные двоичные файлы Windows в формат колеса доступны,[5] и действительно Дистрибутивы Linux продолжают предоставлять свои собственные сборки с открытым исходным кодом.

Галерея

  • Пример некоторых функций редактирования молекул PyMOL, вращения двугранной связи и интерактивной молекулярной релаксации с Режим скульптуры. Это полезные функции для подготовки входной геометрии для программного обеспечения квантовой химии.

  • Такая же структура белка (Протеаза TEV - PDB: 1LVB) Рендерится в разных режимах. Стандартный рисунок, поверхность, врезка поверхности, стволы выделены, 'QuteMol"-подобный", "Гудселл-подобный", с глянцевой поверхностью и b-фактор шпатлевка.

Смотрите также

использованная литература

  1. ^ «Релизы · schrodinger / pymol-open-source». GitHub. Получено 5 октября 2020.
  2. ^ «Система молекулярной графики PyMOL». SourceForge.
  3. ^ «АПБС». poissonboltzmann.org. Архивировано из оригинал 24 февраля 2020 г.. Получено 7 октября 2020.
  4. ^ а б «Примечания к выпуску PyMOL v2.0».
  5. ^ а б "Пакеты расширений Python для Windows - Кристоф Гольке". www.lfd.uci.edu. Получено 26 октября 2019.
  6. ^ "шредингер / пимол-с открытым исходным кодом". GitHub. Получено 24 июн 2019.

внешние ссылки