WikiDer > Коронавирус человека HKU1

Human coronavirus HKU1
Коронавирус человека HKU1
Коронавирус-HKU1.png
Формирование HcoV-HKU1.
Классификация вирусов е
(без рейтинга):Вирус
Область:Рибовирия
Королевство:Орторнавиры
Тип:Писувирикота
Учебный класс:Pisoniviricetes
Заказ:Нидовиралес
Семья:Coronaviridae
Род:Бетакоронавирус
Подрод:Эмбековирус
Разновидность:
Коронавирус человека HKU1

Коронавирус человека HKU1 (HCoV-HKU1) является разновидностью коронавирус в людях. Это вызывает заболевание верхних дыхательных путей с симптомами простуда, но можно перейти к пневмония и бронхиолит.[1] Впервые он был обнаружен в январе 2004 года у одного человека в Гонконг.[2] Последующие исследования показали, что он имеет глобальное распространение и более раннее происхождение.

Вирус - это окутанный, позитивный смысл, одноцепочечный РНК-вирус который проникает в клетку-хозяин, связываясь с Рецептор N-ацетил-9-O-ацетилнейраминовой кислоты.[3] Он имеет Гемагглютинин эстераза (HE) ген, который отличает его как члена рода Бетакоронавирус и подрод Эмбековирус.[4]

История

HCoV-HKU1 был впервые обнаружен в январе 2004 года у 71-летнего мужчины, который был госпитализирован из-за: острый респираторный дистресс-синдром и рентгенологически подтвержденная двусторонняя пневмония. Мужчина недавно вернулся в Гонконг из Шэньчжэнь, Китай.[2][5]

Вирусология

Ву и его коллеги безуспешно пытались вырастить клеточную линию из HCoV-HKU1, но смогли получить полную геномную последовательность. Филогенетический анализ показал, что HKU1 наиболее близок к вирус гепатита мышей (MHV), и в этом отношении отличается от других известных человеческих бета-коронавирусы, Такие как HCoV-OC43.[2]

При анализе генов РНК-зависимой РНК-полимеразы (RdRp), шипа (S) и нуклеокапсида (N) были обнаружены несовместимые филогенетические отношения. Полное секвенирование генома 22 штаммов HCoV-HKU1 подтвердило, что это произошло в результате естественной рекомбинации.[2] HCoV-HKU1, вероятно, возник в грызуны.[6]

HCoV-HKU1 - один из семи известных коронавирусов, заражающих людей. Остальные шесть:[7]

Структуры белков HCoV-HKU1 spike (S) и HE были определены Cyro-EM в 2016 и 2020 годах соответственно. Белок S (PDB: 5I08) Был известен своим большим размером.[8] Белок HE (PDB: 6Y3Y) Отличается от обычных (например, в OC43) наличием гораздо меньшего рудиментарного лектинового домена. Этот домен защищен от распознавания иммунной системой за счет изменения размера и гликозилирования.[9]

Эпидемиология

Обратный анализ носоглоточных аспиратов, отрицательных по SARS, от пациентов с респираторным заболеванием во время периода SARS в 2003 году выявил присутствие РНК CoV-HKU1 в образце от 35-летней женщины с пневмонией.[5]

После первых сообщений об открытии HCoV-HKU1 вирус был идентифицирован в том же году у 10 пациентов в северная Австралия. Образцы дыхательных путей были собраны в период с мая по август (зима в Австралии). Исследователи обнаружили, что большая часть образцов, положительных по HCoV-HKU1, была получена у детей в более поздние зимние месяцы.[10]

Первые известные случаи заболевания в Западном полушарии были обнаружены в 2005 году после анализа более старых образцов клиническими вирусологами Больница Йель-Нью-Хейвен в Нью-Хейвен, Коннектикут которым было любопытно узнать, был ли HCoV-HKU1 в их районе. Они провели исследование образцов, собранных за 7-недельный период (декабрь 2001 г. - февраль 2002 г.) у 851 младенца и ребенка. Образцы девяти детей имели коронавирус человека HKU1. У этих детей были инфекции дыхательных путей на момент сбора образцов (у одной девочки были настолько тяжелые, что потребовалась искусственная вентиляция легких), в то время как тесты на другие причины, такие как Респираторно-синцитиальный вирус человека (RSV), вирусы парагриппа (типы 1–3), вирусы гриппа A и B, и аденовирус к прямой иммунофлуоресцентный анализ а также человеческий метапневмовирус и HCoV-NH к полимеразная цепная реакция с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР). Исследователи сообщили, что штаммы, обнаруженные в Нью-Хейвене, были похожи на штаммы, обнаруженные в Гонконге, и предполагали распространение по всему миру.[11] Эти штаммы, обнаруженные в Нью-Хейвене, не следует путать с HCoV-NH (Коронавирус Нью-Хейвена), который является штаммом Коронавирус человека NL63.

В июле 2005 г. во Франции было зарегистрировано шесть случаев. В этих случаях французские исследователи использовали усовершенствованные методы выделения вируса из носоглоточного аспирата и образцов стула.[12]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Лим, Ивонн Синьи; Нг, Ян Линь; Tam, James P .; Лю, Дин Сян (25.07.2016). «Коронавирусы человека: обзор взаимодействия вируса с хозяином». Болезни. 4 (3): 26. Дои:10.3390 / болезни4030026. ISSN 2079-9721. ЧВК 5456285. PMID 28933406. См. Таблицу 1.
  2. ^ а б c d Woo, P. C. Y .; Lau, S. K. P .; Chu, C.-m .; Чан, К.-ч .; Цой, Х.-ш .; Huang, Y .; Wong, B.H.L .; Poon, R. W. S .; Cai, J. J .; Luk, W.-k .; Пун, Л. Л. М .; Wong, S. S. Y .; Guan, Y .; Peiris, J. S. M .; Юэн, К.-й. (2004). «Характеристика и полная последовательность генома нового коронавируса, коронавируса HKU1, от пациентов с пневмонией». Журнал вирусологии. 79 (2): 884–95. Дои:10.1128 / JVI.79.2.884-895.2005. ЧВК 538593. PMID 15613317.
  3. ^ Лим, Ивонн Синьи; Нг, Ян Линь; Tam, James P .; Лю, Дин Сян (25.07.2016). «Коронавирусы человека: обзор взаимодействия вируса с хозяином». Болезни. 4 (3): 26. Дои:10.3390 / болезни4030026. ISSN 2079-9721. ЧВК 5456285. PMID 28933406. См. Таблицу 1.
  4. ^ Ву, Патрик С. Ю.; Хуанг, Йи; Lau, Susanna K. P .; Юэн, квок-юнг (2010-08-24). «Геномика и биоинформатический анализ коронавируса». Вирусы. 2 (8): 1804–1820. Дои:10.3390 / v2081803. ISSN 1999-4915. ЧВК 3185738. PMID 21994708. У всех представителей подгруппы А бетакоронавируса ген гемагглютининэстеразы (HE), который кодирует гликопротеин с активностью нейраминат-O-ацетил-эстеразы и активным сайтом FGDS, присутствует ниже ORF1ab и выше гена S (рис. 1).
  5. ^ а б Lau, S. K. P .; Woo, P. C. Y .; Yip, C. C. Y .; Tse, H .; Цой, Х.-ш .; Cheng, V.C.C .; Lee, P .; Tang, B. S. F .; Cheung, C.H.Y .; Lee, R.A .; Итак, Л.-у .; Lau, Y.-l .; Чан, К.-ч .; Юэн, К.-й. (2006). «Коронавирус HKU1 и другие коронавирусные инфекции в Гонконге». Журнал клинической микробиологии. 44 (6): 2063–71. Дои:10.1128 / JCM.02614-05. ЧВК 1489438. PMID 16757599.
  6. ^ Фунг, чтобы петь; Лю, Дин Сян (2019). "Коронавирус человека: взаимодействие" хозяин-патоген ". Ежегодный обзор микробиологии. 73: 529–557. Дои:10.1146 / annurev-micro-020518-115759. PMID 31226023.
  7. ^ Люнг, Дэниел. «Коронавирусы (включая ОРВИ)». Консультант по инфекционным заболеваниям. Поддержка принятия решений в медицине, ООО. Получено 1 августа 2020.
  8. ^ Кирхдёрфер, Роберт Н .; Коттрелл, Кристофер А .; Ван, Няньшуан; Паллесен, Джеспер; Yassine, Hadi M .; Тернер, Ханна Л .; Corbett, Kizzmekia S .; Грэм, Барни С .; Маклеллан, Джейсон С .; Уорд, Эндрю Б. (март 2016 г.). «Предварительно слитная структура белка шипа коронавируса человека». Природа. 531 (7592): 118–121. Дои:10.1038 / природа17200.
  9. ^ Hurdiss DL, Drulyte I, Lang Y, Shamorkina TM, Pronker MF, van Kuppeveld FJ, Snijder J, de Groot RJ (16 ноября 2020 г.). «Крио-ЭМ структура гемагглютинин эстеразы коронавируса HKU1 выявляет архитектурные изменения, вызванные длительной циркуляцией в организме человека». Nature Communications. Дои:10.1038 / с41467-020-18440-6.
  10. ^ Слоты, Т; McErlean, P; Speicher, D; Арден, К; Ниссен, М; Маккей, я (2006). «Доказательства коронавируса человека HKU1 и бокавируса человека у австралийских детей». Журнал клинической вирусологии. 35 (1): 99–102. Дои:10.1016 / j.jcv.2005.09.008. PMID 16257260.
  11. ^ Эспер, Фрэнк; Вейбель, Карла; Фергюсон, Дэвид; Ландри, Мари Л .; Кан, Джеффри С. (2006). «Инфекция коронавирусом HKU1 в США». Возникающие инфекционные заболевания. 12 (5): 775–9. Дои:10.3201 / eid1205.051316. ЧВК 3374449. PMID 16704837.
  12. ^ Vabret, A .; Dina, J .; Гуарин, С .; Petitjean, J .; Corbet, S .; Фреймут, Ф. (2006). «Обнаружение нового человеческого коронавируса HKU1: отчет о 6 случаях». Клинические инфекционные болезни. 42 (5): 634–9. Дои:10.1086/500136. PMID 16447108.

внешняя ссылка