WikiDer > Релаксаза

Relaxase

А релаксаза одноцепочечная ДНК трансэстераза фермент произведено некоторыми прокариоты и вирусы. Релаксазы ответственны за сайт-специфические разрывы в двухцепочечных ДНК. Известные релаксазы относятся к репликация катящегося круга (RCR) инициатор суперсемейства ферментов и делится на два широких класса: репликативный (Rep) и мобилизация (Mob).[1] Порезы, производимые Rep релаксазой, инициируют плазмида или вирус RCR. Моб расслабляет ник на происхождение перевода (oriT), чтобы инициировать процесс мобилизации и передачи ДНК, известный как бактериальная конъюгация. Релаксазы названы так потому, что одноцепочечные ДНК-нити, которые они катализировать приводят к ослаблению спирального натяжения.

Устройство и механизм

Известные релаксазы металлические ион зависимый тирозин трансэстеразы. Это означает, что они используют ионы металла, чтобы способствовать переносу сложный эфир связь из ДНК фосфодиэфир основа каталитического тирозина боковая цепь, в результате чего долгоживущий ковалентный фосфотирозин промежуточное соединение, которое по существу объединяет разорванную цепь ДНК и фермент в одну молекулу. Предварительные сообщения об ингибировании релаксазы небольшими молекулами, которые имитируют промежуточные продукты этой реакции, были впервые опубликованы в 2007 году.[2] Такое подавление имеет последствия, связанные с предотвращением распространения устойчивость к антибиотикам в клинических условиях.

Первая релаксация рентгеновский снимок кристалл и ЯМР структуры - Репа расслабляет от вирус желтого листа томата курчавости (TYLCV)[3] и аденоассоциированный вирус серотип 5 (AAV-5)[4] - были решены в 2002 году. В результате были обнаружены компактные молекулы, состоящие из пятицепочечных, антипараллельный бета-лист ядра и периферия альфа спирали. А гистидин-богатые мотив, ранее идентифицированный сохранение последовательности, было показано, что это ион металла сайт привязки расположен на ядре бета-листа, рядом с карбокси-концевой каталитический остаток тирозина. Более поздние структуры Mob релаксазируют TrwC из плазмида R388[5] и TraI из F-плазмиды[6] подтвердили, что классы Mob и Rep эволюционно связаны друг с другом через круговая перестановка. Это означает, что у них есть общий складывать, но аминоконцевой последовательность из одного гомологичный к C-концу другого, и наоборот. Таким образом, каталитические тирозины TraI и TrwC являются аминоконцевыми, а не карбоксиконцевыми.

Этимология

Номенклатура релаксаз разнообразна. В конъюгированных бактериальных плазмидах релаксазы класса Mob имеют такие названия, как TraI (в плазмиде RP4), VirD2 (pTi), TrwC (R388), TraI (F-плазмида), MobB (CloDF13) или TrsK (pGO1).

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Дайда Ф., Хикман А.Б. (ноябрь 2003 г.). «Толпа представителей». Структура. 11 (11): 1310–1. Дои:10.1016 / j.str.2003.10.010. PMID 14604517.
  2. ^ Lujan SA, Guogas LM, Ragonese H, Matson SW, Redinbo MR (2007). «Нарушение распространения устойчивости к антибиотикам путем ингибирования конъюгативной релаксазы ДНК». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 104 (30): 12282–7. Bibcode:2007ПНАС..10412282Л. Дои:10.1073 / pnas.0702760104. JSTOR 25436291. ЧВК 1916486. PMID 17630285.
  3. ^ Кампос-Оливас Р., Луи Дж. М., Клерот Д., Гроненборн Б., Гроненборн А. М. (август 2002 г.). «Структура инициатора репликации объединяет различные аспекты метаболизма нуклеиновых кислот». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (16): 10310–5. Bibcode:2002PNAS ... 9910310C. Дои:10.1073 / pnas.152342699. ЧВК 124910. PMID 12130667.
  4. ^ Хикман А.Б., Роннинг Д.Р., Котин Р.М., Дайда Ф. (2002). «Структурное единство среди связывающих белков вирусного происхождения: кристаллическая структура нуклеазного домена аденоассоциированного вируса Rep». Mol Cell. 10 (2): 327–37. Дои:10.1016 / S1097-2765 (02) 00592-0. PMID 12191478.
  5. ^ Гуаш А., Лукас М., Монкалиан Г., Кабесас М., Перес-Луке Р., Гомис-Рют FX, де ла Крус Ф., Колл М. (2003). «Распознавание и обработка происхождения ДНК переноса конъюгативной релаксазой TrwC». Нат Структ Биол. 10 (12): 1002–10. Дои:10.1038 / nsb1017. PMID 14625590.
  6. ^ Датта С., Ларкин С., Шильдбах Дж. Ф. (2003). «Структурные представления о связывании и расщеплении одноцепочечной ДНК с помощью фактора TraI F». Структура. 11 (11): 1369–79. Дои:10.1016 / j.str.2003.10.001. PMID 14604527.