WikiDer > Дезоксирибонуклеаза I

Deoxyribonuclease I
DNASE1
Dnase1.png
Доступные конструкции
PDBПоиск ортолога: PDBe RCSB
Идентификаторы
ПсевдонимыDNASE1, DNL1, DRNI, дезоксирибонуклеаза I, дезоксирибонуклеаза 1
Внешние идентификаторыOMIM: 125505 MGI: 103157 ГомолоГен: 3826 Генные карты: DNASE1
Расположение гена (человек)
Хромосома 16 (человек)
Chr.Хромосома 16 (человек)[1]
Хромосома 16 (человек)
Геномное расположение DNASE1
Геномное расположение DNASE1
Группа16p13.3Начинать3,611,728 бп[1]
Конец3,680,143 бп[1]
Экспрессия РНК шаблон
PBB GE DNASE1 210165 в формате fs.png
Дополнительные данные эталонного выражения
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez
Ансамбль
UniProt
RefSeq (мРНК)

NM_005223
NM_001351825

NM_010061
NM_001357143

RefSeq (белок)

NP_005214
NP_001338754

NP_034191
NP_001344072

Расположение (UCSC)Chr 16: 3.61 - 3.68 МбChr 16: 4.04 - 4.04 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Дезоксирибонуклеаза I (обычно называется ДНКаза I), является эндонуклеаза закодирован человеческим геном DNASE1.[5]DNase I - это нуклеаза что раскалывает ДНК предпочтительно по фосфодиэфирным связям, примыкающим к пиримидин нуклеотид, давая полинуклеотиды с концевыми 5'-фосфатными группами со свободной гидроксильной группой в положении 3 ', в среднем образуя тетрануклеотиды. Он действует на одноцепочечную ДНК, двухцепочечную ДНК и хроматин. Помимо своей роли в управлении отходами эндонуклеаза, было предложено стать одним из дезоксирибонуклеазы отвечает за фрагментацию ДНК во время апоптоз.[6]

ДНКаза I связывается с цитоскелет белок актин. Он связывает мономеры актина с очень высокой (суб-наномолярной) близость и полимеры актина с более низким сродством. Функция этого взаимодействия неясна. Однако, поскольку актин-связанная ДНКаза I является ферментативно неактивной, ДНКаза-актин Комплекс может быть формой хранения ДНКазы I, предотвращающей повреждение генетической информации.

Этот ген кодирует член семейства ДНКаз. Этот белок хранится в гранулах зимогена ядерной оболочки и функционирует, расщепляя ДНК эндонуклеолитическим способом. Охарактеризовано по крайней мере шесть аутосомных кодоминантных аллелей, от DNASE1 * 1 до DNASE1 * 6, и последовательность DNASE1 * 2, представленная в этой записи. Мутации в этом гене, а также фактор, инактивирующий его ферментный продукт, были связаны с системной красной волчанкой (СКВ), аутоиммунным заболеванием.[7][8] А рекомбинантная форма этого белка используется для лечения одного из симптомов кистозный фиброз за счет гидролиза внеклеточной ДНК в мокроте и снижения ее вязкости.[9] Альтернативные варианты сплайсинга транскрипции этого гена наблюдались, но не были полностью охарактеризованы.[5]


В геномике

В геномике ДНКаза I гиперчувствительные сайты считается, что для них характерен открытый доступный хроматин; Таким образом, анализ чувствительности к ДНКазе I является широко используемым методом в геномике для определения того, какие участки генома могут содержать активные гены. [10]

Специфичность последовательности ДНКазы I

Недавно сообщалось, что ДНКаза I демонстрирует некоторые уровни специфичности последовательности, которые могут зависеть от экспериментальных условий.[11] В отличие от других ферментов, обладающих высокой субстратной специфичностью, ДНКаза I определенно не расщепляет с абсолютной специфичностью последовательности. Однако расщепление по сайтам, содержащим C или G на своем 3'-конце, менее эффективно.

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000213918 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000005980 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ а б «Ген Entrez: дезоксирибонуклеаза I DNASE1».
  6. ^ Самедзима, К. и Эрншоу, W.C. (2005). «Взлом генома: роль нуклеаз в апоптозе». Нат Рев Мол Cell Biol. 6 (9): 677–88. Дои:10.1038 / nrm1715. PMID 16103871. S2CID 13948545.
  7. ^ Hakkim A, Fürnrohr BG, Amann K, Laube B, Abed UA, Brinkmann V, Herrmann M, Voll RE, Zychlinsky A (2010). «Нарушение деградации внеклеточной ловушки нейтрофилов связано с волчаночным нефритом». Proc Natl Acad Sci U S A. 107 (21): 9813–8. Дои:10.1073 / pnas.0909927107. ЧВК 2906830. PMID 20439745.
  8. ^ Ясутомо К., Хориучи Т., Кагами С. и др. (2001). «Мутация DNASE1 у людей с системной красной волчанкой». Nat. Genet. 28 (4): 313–4. Дои:10.1038/91070. PMID 11479590. S2CID 21277651.
  9. ^ Shak S, Capon DJ, Hellmiss R и др. (1991). «Рекомбинантная ДНКаза I человека снижает вязкость мокроты при кистозном фиброзе». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 87 (23): 9188–92. Дои:10.1073 / pnas.87.23.9188. ЧВК 55129. PMID 2251263.
  10. ^ Бойл А.П., Дэвис С., Шульха Х.П., Мельцер П., Маргулис Э.Х., Вен З., Фьюри Т.С., Кроуфорд Г.Е. (2008). «Картирование с высоким разрешением и характеристика открытого хроматина в геноме». Клетка. 132 (2): 311–322. Дои:10.1016 / j.cell.2007.12.014. ЧВК 2669738. PMID 18243105.
  11. ^ Кухи, Хашем; Вниз, Thomas A .; Хаббард, Тим Дж .; Мариньо-Рамирес, Леонардо (26 июля 2013 г.). «Наборы данных о доступности хроматина демонстрируют предвзятость из-за специфичности последовательности фермента ДНКазы I». PLOS ONE. 8 (7): e69853. Дои:10.1371 / journal.pone.0069853. ЧВК 3724795. PMID 23922824.

дальнейшее чтение

внешняя ссылка