WikiDer > PDK3
Пируватдегидрогеназа липоамид изофермент киназы 3, митохондриальный является фермент что у людей кодируется PDK3 ген.[5][6] Он кодирует изофермент из киназа пируватдегидрогеназыКомплекс пируватдегидрогеназы (ПДГ) представляет собой кодируемый ядром митохондриальный мультиферментный комплекс, который катализирует общее превращение пируват к ацетил-КоА и CO2. Он обеспечивает первичную связь между гликолиз и цикл трикарбоновой кислоты (TCA), и, таким образом, является одним из основных ферментов, отвечающих за регуляцию метаболизм глюкозы. Ферментативная активность ПДГ регулируется фосфорилирование/ цикл дефосфорилирования, и фосфорилирование приводит к инактивации PDH. Белок, кодируемый этим геном, является одной из четырех киназ пируватдегидрогеназы, которая ингибирует комплекс PDH путем фосфорилирования альфа-субъединицы E1. Этот ген преимущественно экспрессируется в сердце и скелетных мышцах. Альтернативно сращивание варианты транскрипции, кодирующие разные изоформы были обнаружены для этого гена.[6]
Структура
Структура комплекса PDK3 / L2 была выяснена, и есть несколько ключевых особенностей. Когда домен L2 связывается с PDK3, он индуцирует конформацию «поперечного хвоста» в PDK3, тем самым стимулируя активность. Есть три решающих остатка: Leu-140, Glu-170 и Glu-179. C-терминал домена, которые имеют решающее значение для этого взаимодействия.[7] Структурные исследования показали, что связывание L2 стимулирует активность, нарушая закрытую конформацию, или крышку АТФ, для устранения ингибирования продукта.[8] Субъединицы PDK3 находятся в одной из двух конформаций; одна субъединица существует как «открытая», а другая - как «закрытая». Открытая субъединица является наиболее важной конфигурацией для предполагаемой субстрат-связывающей щели, поскольку именно здесь целевой пептид может получить доступ к активному центру. Закрытая субъединица блокирует этот целевой пептид из-за соседнего размотанного альфа-спираль. Кроме того, АТФ-связывающая петля в одной субъединице PDK3 принимает открытую конформацию, подразумевая, что загрузка нуклеотидов в активный сайт опосредуется неактивным режимом связывания «до вставки». Этот асимметричный комплекс представляет собой физиологическое состояние, в котором связывание одного домена L2 активирует одну из субъединиц PDHK, инактивируя другую.[9]Таким образом, L2-домены, вероятно, действуют не только как структурные якоря, но также модулируют каталитический цикл PDK3.
Функция
Комплекс пируватдегидрогеназы (ПДГ) должен строго регулироваться из-за его центральной роли в общем метаболизме. Внутри комплекса есть три остатка серина на компоненте E1, которые являются сайтами фосфорилирования; это фосфорилирование инактивирует комплекс. У людей было четыре изоферменты пируватдегидрогеназной киназы, которые, как было показано, фосфорилируют эти три сайта: PDK1, PDK2, PDK3 и PDK4.[10] Белок PDK3 в основном находится в почках, головном мозге и семенниках.[11]
Регулирование
Семейство пируватдегидрогеназ, являющееся первичными регуляторами решающего этапа центрального метаболического пути, жестко регулируется множеством факторов. PDK3 в сочетании с PDK2 и PDK4 являются первичными мишенями дельта / бета рецептора, активируемого пролифератором пероксисом (Бета / дельта PPAR), причем PDK3 содержит пять элементов, которые отвечают на эти рецепторы.[12]
Модельные организмы
Модельные организмы были использованы при изучении функции PDK3. Условный нокаутирующая мышь линия называется Pdk3tm2a (КОМП) Wtsi был создан на Wellcome Trust Sanger Institute.[13] Самцы и самки животных прошли стандартизованный фенотипический скрининг[14] для определения последствий удаления.[15][16][17][18] Проведены дополнительные проверки: - Углубленное иммунологическое фенотипирование[19]
| Характеристика | Фенотип |
|---|---|
| Все данные доступны на сайте.[14][19] | |
| Инсулин | Нормальный |
| Гомозиготная жизнеспособность на P14 | Нормальный |
| Гомозиготная фертильность | Нормальный |
| Масса тела | Нормальный |
| Неврологический осмотр | Нормальный |
| Сила захвата | Нормальный |
| Дисморфология | Нормальный |
| Косвенная калориметрия | Нормальный |
| Тест толерантности к глюкозе | Нормальный |
| Слуховой ответ ствола мозга | Нормальный |
| DEXA | Нормальный |
| Рентгенография | Нормальный |
| Морфология глаза | Нормальный |
| Клиническая химия | Нормальный |
| Гематология 16 недель | Нормальный |
| Лейкоциты периферической крови 16 недель | Нормальный |
| Сальмонелла инфекционное заболевание | Нормальный |
Рекомендации
- ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000067992 - Ансамбль, Май 2017
- ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000035232 - Ансамбль, Май 2017
- ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ Гуди Р., Боукер-Кинли М.М., Кедишвили Н.Ю., Чжао Ю., Попов К.М. (декабрь 1995 г.). «Разнообразие семейства генов киназы пируватдегидрогеназы у людей». Журнал биологической химии. 270 (48): 28989–94. Дои:10.1074 / jbc.270.48.28989. PMID 7499431.
- ^ а б «Ген Entrez: киназа пируватдегидрогеназы PDK3, изофермент 3».
- ^ Tso SC, Kato M, Chuang JL, Chuang DT (сентябрь 2006 г.). «Структурные детерминанты перекрестного взаимодействия между киназой 3 пируватдегидрогеназы и липоильным доменом 2 комплекса пируватдегидрогеназы человека». Журнал биологической химии. 281 (37): 27197–204. Дои:10.1074 / jbc.M604339200. PMID 16849321.
- ^ Като М., Чуанг Дж. Л., Цо С. К., Винн Р. М., Чуанг Д. Т. (май 2005 г.). «Кристаллическая структура киназы пируватдегидрогеназы 3, связанной с липоильным доменом 2 комплекса пируватдегидрогеназы человека». Журнал EMBO. 24 (10): 1763–74. Дои:10.1038 / sj.emboj.7600663. ЧВК 1142596. PMID 15861126.
- ^ Деведжиев Ю., Стейсси С.Н., Васылев Д.Г. (июль 2007 г.). «Кристаллическая структура асимметричного комплекса киназы пируватдегидрогеназы 3 с липоильным доменом 2 и его биологические последствия». Журнал молекулярной биологии. 370 (3): 407–16. Дои:10.1016 / j.jmb.2007.04.083. ЧВК 1994203. PMID 17532006.
- ^ Колобова Е., Туганова А., Булатников И., Попов К.М. (август 2001 г.). «Регулирование активности пируватдегидрогеназы посредством фосфорилирования по нескольким сайтам». Биохимический журнал. 358 (Пт 1): 69–77. Дои:10.1042/0264-6021:3580069. ЧВК 1222033. PMID 11485553.
- ^ Sugden MC, Holness MJ (июль 2002 г.). «Терапевтический потенциал киназ пируватдегидрогеназы млекопитающих в профилактике гипергликемии». Текущие целевые показатели по лекарствам. Иммунные, эндокринные и метаболические нарушения. 2 (2): 151–65. Дои:10.2174/1568005310202020151. PMID 12476789.
- ^ Дегенхардт Т., Сарамяки А., Малинен М., Рик М., Вяйсянен С., Хуотари А., Херциг К. Х., Мюллер Р., Карлберг С. (сентябрь 2007 г.). «Три члена семейства генов киназы пируватдегидрогеназы человека являются прямыми мишенями бета / дельта рецептора, активируемого пролифератором пероксисом». Журнал молекулярной биологии. 372 (2): 341–55. Дои:10.1016 / j.jmb.2007.06.091. PMID 17669420.
- ^ Гердин А.К. (2010). «Программа генетики Sanger Mouse: характеристика мышей с высокой пропускной способностью». Acta Ophthalmologica. 88: 925–7. Дои:10.1111 / j.1755-3768.2010.4142.x.
- ^ а б «Международный консорциум по фенотипированию мышей».
- ^ Скарнес В.К., Розен Б., Вест А.П., Кутсуракис М., Бушелл В., Айер В., Мухика А.О., Томас М., Харроу Дж., Кокс Т., Джексон Д., Северин Дж., Биггс П., Фу Дж., Нефедов М., де Йонг П.Дж., Стюарт AF, Брэдли А. (июнь 2011 г.). «Ресурс условного нокаута для полногеномного исследования функции генов мыши». Природа. 474 (7351): 337–42. Дои:10.1038 / природа10163. ЧВК 3572410. PMID 21677750.
- ^ Долгин Э (июнь 2011 г.). "Библиотека мыши настроена на нокаут". Природа. 474 (7351): 262–3. Дои:10.1038 / 474262a. PMID 21677718.
- ^ Коллинз Ф.С., Россант Дж., Вурст В. (январь 2007 г.). «Мышь по всем причинам». Клетка. 128 (1): 9–13. Дои:10.1016 / j.cell.2006.12.018. PMID 17218247.
- ^ Уайт Дж. К., Гердин А. К., Карп Н. А., Райдер Э., Бульян М., Басселл Дж. Н., Солсбери Дж., Клэр С., Ингем Нью-Джерси, Подрини С., Хоутон Р., Эстабель Дж., Боттомли Дж. Р., Мелвин Д. Дж., Сантер Д., Адамс, Северная Каролина, Таннахилл Д. , Logan DW, Macarthur DG, Flint J, Mahajan VB, Tsang SH, Smyth I, Watt FM, Skarnes WC, Dougan G, Adams DJ, Ramirez-Solis R, Bradley A, Steel KP (июль 2013 г.). «Полногеномное поколение и систематическое фенотипирование мышей с нокаутом открывает новые роли для многих генов». Клетка. 154 (2): 452–64. Дои:10.1016 / j.cell.2013.06.022. ЧВК 3717207. PMID 23870131.
- ^ а б «Консорциум иммунофенотипирования инфекций и иммунитета (3i)».
дальнейшее чтение
- Sugden MC, Holness MJ (июль 2002 г.). «Терапевтический потенциал киназ пируватдегидрогеназы млекопитающих в профилактике гипергликемии». Текущие целевые показатели по лекарствам. Иммунные, эндокринные и метаболические нарушения. 2 (2): 151–65. Дои:10.2174/1568008023340785. PMID 12476789.
- Sugden MC, Holness MJ (май 2003 г.). «Последние достижения в механизмах, регулирующих окисление глюкозы на уровне пируватдегидрогеназного комплекса с помощью PDK» (PDF). Американский журнал физиологии. Эндокринология и метаболизм. 284 (5): E855–62. Дои:10.1152 / ajpendo.00526.2002. PMID 12676647.
- Бейкер Дж. К., Ян Х, Пэн Т., Кастен С., Рош Т. Е. (май 2000 г.). «Заметные различия между двумя изоформами киназы пируватдегидрогеназы человека». Журнал биологической химии. 275 (21): 15773–81. Дои:10.1074 / jbc.M909488199. PMID 10748134.
- Колобова Е., Туганова А., Булатников И., Попов К.М. (август 2001 г.). «Регулирование активности пируватдегидрогеназы посредством фосфорилирования по нескольким сайтам». Биохимический журнал. 358 (Пт 1): 69–77. Дои:10.1042/0264-6021:3580069. ЧВК 1222033. PMID 11485553.
- Короткина Л.Г., Пател М.С. (октябрь 2001 г.). «Сайт-специфичность четырех изоферментов киназы пируватдегидрогеназы по отношению к трем сайтам фосфорилирования пируватдегидрогеназы человека». Журнал биологической химии. 276 (40): 37223–9. Дои:10.1074 / jbc.M103069200. PMID 11486000.
- Туганова А., Булатников И., Попов К.М. (август 2002 г.). «Взаимодействие между отдельными изоферментами киназы пируватдегидрогеназы и внутренним липоилсодержащим доменом трансацетилазного компонента пируватдегидрогеназного комплекса». Биохимический журнал. 366 (Пт 1): 129–36. Дои:10.1042 / BJ20020301. ЧВК 1222743. PMID 11978179.
- Spriet LL, Tunstall RJ, Watt MJ, Mehan KA, Hargreaves M, Cameron-Smith D (июнь 2004 г.). «Активация пируватдегидрогеназы и экспрессия киназы в скелетных мышцах человека во время голодания» (PDF). Журнал прикладной физиологии. 96 (6): 2082–2087. Дои:10.1152 / japplphysiol.01318.2003. PMID 14966024.
- Blackshaw S, Harpavat S, Trimarchi J, Cai L, Huang H, Kuo WP, Weber G, Lee K, Fraioli RE, Cho SH, Yung R, Asch E, Ohno-Machado L, Wong WH, Cepko CL (сентябрь 2004 г.) . «Геномный анализ развития сетчатки глаза мышей». PLoS Биология. 2 (9): E247. Дои:10.1371 / journal.pbio.0020247. ЧВК 439783. PMID 15226823.
- Като М., Чуанг Дж. Л., Цо С. К., Винн Р. М., Чуанг Д. Т. (май 2005 г.). «Кристаллическая структура киназы пируватдегидрогеназы 3, связанной с липоильным доменом 2 комплекса пируватдегидрогеназы человека». Журнал EMBO. 24 (10): 1763–74. Дои:10.1038 / sj.emboj.7600663. ЧВК 1142596. PMID 15861126.
- Руал Дж. Ф., Венкатесан К., Хао Т., Хирозане-Кишикава Т., Дрикот А., Ли Н., Беррис Г. Ф., Гиббонс Ф. Д., Дрезе М., Айви-Гедехуссу Н., Клитгорд Н., Саймон К., Боксем М., Мильштейн С., Розенберг Дж., Голдберг DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (октябрь 2005 г.). «К карте протеомного масштаба сети взаимодействия белок-белок человека». Природа. 437 (7062): 1173–8. Bibcode:2005 Натур.437.1173R. Дои:10.1038 / природа04209. PMID 16189514.
- Tso SC, Kato M, Chuang JL, Chuang DT (сентябрь 2006 г.). «Структурные детерминанты перекрестного взаимодействия между киназой 3 пируватдегидрогеназы и липоильным доменом 2 комплекса пируватдегидрогеназы человека». Журнал биологической химии. 281 (37): 27197–204. Дои:10.1074 / jbc.M604339200. PMID 16849321.
- Деведжиев Ю., Стейсси С.Н., Васылев Д.Г. (июль 2007 г.). «Кристаллическая структура асимметричного комплекса киназы пируватдегидрогеназы 3 с липоильным доменом 2 и его биологические последствия». Журнал молекулярной биологии. 370 (3): 407–16. Дои:10.1016 / j.jmb.2007.04.083. ЧВК 1994203. PMID 17532006.
- Дегенхардт Т., Сарамяки А., Малинен М., Рик М., Вяйсянен С., Хуотари А., Херциг К. Х., Мюллер Р., Карлберг С. (сентябрь 2007 г.). «Три члена семейства генов киназы пируватдегидрогеназы человека являются прямыми мишенями бета / дельта рецептора, активируемого пролифератором пероксисом». Журнал молекулярной биологии. 372 (2): 341–55. Дои:10.1016 / j.jmb.2007.06.091. PMID 17669420.
- Като М., Ли Дж., Чуанг Дж. Л., Чуанг Д. Т. (август 2007 г.). «Четкие структурные механизмы ингибирования изоформ киназы пируватдегидрогеназы с помощью AZD7545, дихлорацетата и радицикола». Структура. 15 (8): 992–1004. Дои:10.1016 / j.str.2007.07.001. ЧВК 2871385. PMID 17683942.
Галерея PDB | |
|---|---|
|
