WikiDer > База данных классификации транспортеров

Transporter Classification Database

В База данных классификации транспортеров (или TCDB) является Международный союз биохимии и молекулярной биологии (IUBMB) -утвержденная система классификации для мембранные транспортные белки, в том числе ионные каналы.[1][2][3]

Классификация

Верхний уровень классификации и несколько примеров белков с известной трехмерной структурой:

1. каналы и поры

1. каналы α-типа

1.B. β-бочковые порины и другие белки внешней мембраны

1.C Порообразующие токсины (белки и пептиды)

1.D Каналы, синтезированные не рибосомами

  • 1.D.1. Грамицидин А Канал Семья
  • 1.D.2 Каналообразующий Сирингомицин Семья
  • 1.D.3 Семейство каналообразующих сирингопептинов
  • 1.D.4 Семья, образующая канал Толаасин
  • 1.D.5. Аламетицин или Пептаибол Семейство антибиотиков, образующих канал
  • 1.D.6 Комплексный поли-3-гидроксибутират Ca2+ Канал (cPHB-CC) Семейство
  • 1.D.7 Семья Бетиколина
  • 1.D.8. Сапонин Семья
  • 1.D.9. Полиглутамин Семейство ионных каналов (PG-IC)
  • 1.D.10. Керамид-формирование семейства каналов
  • 1.D.11. Сурфактин Семья
  • 1.D.12 Семья Боверицинов (Beauvericin)
  • 1.D.13 Амфипатические пептидные антибиотики с доставкой ДНК (DAPA)
  • 1.D.14 Семейство синтетических Leu / Ser амфипатических каналообразующих пептидов (l / S-SCP)
  • 1.D.15 Семья даптомицина (даптомицина)
  • 1.D.16 Семейство синтетических амфипатических порообразующих гептапептидов (SAPH)
  • 1.D.17 Комбинаторно разработанное семейство порообразующих β-листовых пептидов
  • 1.D.18 Семейство порообразующих конъюгатов гуанозин-желчная кислота
  • 1.D.19 Ca2+ Каналообразующий препарат, Дигитоксин Семья
  • 1.D.20 Семейство порообразующих полиеновых макролидных антибиотиков / грибковых агентов (PMAA)
  • 1.D.21 Семейство липидных нанопор (LipNP)
  • 1.D.22 Каротиноидный пигмент, перемещающий протоны, Зеаксантин Семья
  • 1.D.23 Семейство порообразующих фениленэтиниленовых противомикробных средств (PEPA)
  • 1.D.24 Семейство морских губок из политеонамида B (pTB)
  • 1.D.25 Семейство ариламиновых фолдамеров (AAF)
  • 1.D.26 Семейство 9'-O-β-D-глюкозидов дигидродегидродикониферилового спирта (DDDC9G)
  • 1.D.27 Семейство Thiourea isosteres
  • 1.D.28 Семейство липопептаиболов
  • 1.D.29 Семейство макроциклических олигохолатов
  • 1.D.30 Семейство искусственных гидразид-связанных столбов [5] ареновых каналов (HAPA-C)
  • 1.D.31. Амфотерицин B Семья
  • 1.D.32 Порообразующие Новицидин Семья
  • 1.D.33 Каналообразующий Политеонамид B Семья
  • 1.D.34 Каналообразующие олигоэфирные болаамфифилы
  • 1.D.35 Порообразующий циклический Липодепсипептид Семья
  • 1.D.36. Олигоборнене Семейство ионных каналов
  • 1.D.37. Гибикуслид C Семья
  • 1.D.38 Семейство циклических пептидных нанотрубок (cPepNT)
  • 1.D.39 Семейство контролируемых светом амфифильных молекулярных ионных каналов на основе азобензола (AAM-IC)
  • 1.D.40 Семейство липидных тороидальных пор, индуцированных белком
  • 1.D.41 Семейство ионофоров спротетонатного типа (спирогексанолид)
  • 1.D.42 Семейство трипептидов Phe-Arg-столба [5] ареновых каналов (TPPA-C)
  • 1.D.43 Семейство гуанозиндинуклеозидных каналов (TT-GDN-C), адаптированных к триазолам
  • 1.D.44 Синтетический ионный канал с редокс-активным семейством ферроцена (ICRF)
  • 1.D.45 Семейство мембранных пор сонопорации и электропорации (SEMP)
  • 1.D.46 Семейство ДНК-нанопор (DnaNP)
  • 1.D.47 Семейство порообразующих синтетических циклических пептидов (PSCP)
  • 1.D.48 Порообразующие Сирингомицин E Семья
  • 1.D.49 Семейство трансмембранных каротиноидных радикальных каналов (CRC)
  • 1.D.50 Семейство переносчиков амфифильных бис-катехол-анионов (AC-AT)
  • 1.D.51 Семейство белковых нанопор (ProNP)
  • 1.D.52 Семейство нанопор макроцикла ароматического олигоамида (OmnNP)
  • 1.D.53 Семейство альфа, гамма-пептидных нанотрубок (a, gPepNT)
  • 1.D.54 Семейство калий-селективных гексил-бензоуреидо-15-краун-5-эфирных ионных каналов (HBEC)
  • 1.D.55 Семейство нанопор на основе порфирина (PorNP)
  • 1.D.56 Семейство олигомерных нанопор (AibNP) альфа-аминоизобутирата (Aib)
  • 1.D.57 Семейство липидных электропор (LEP)
  • 1.D.58 Семейство продигиозена, переносящего анион (продигиозен)
  • 1.D.59 Семейство переносчиков анионов перенозина (Perenosin)
  • 1.D.60 Семейство альфа, гамма-циклических пептидов (AGCP)
  • 1.D.61 Семейство анионофорных 2,6-бис (бензимидазол-2-ил) пиридинов (ABBP)
  • 1.D.62 Семейство каналообразующих производных бис-триазолилдигуанозина (TDG)
  • 1.D.63 Семейство нанопор на основе пептидов (PepNP)
  • 1.D.64 Семейство углеродных нанотрубок (CarNT)
  • 1.D.65 Семейство порообразующих амфидинолов (амфидинолов)
  • 1.D.66 Семейство спиральных макромолекул и нанопор (HmmNP)
  • 1.D.67 Семейство спиральных пептидных ионных каналов (CEHP), модифицированных коронным эфиром
  • 1.D.68 Семейство порообразующих плейроновых блочных полимеров (PPBP)
  • 1.D.69 Семейство конических нанопор (ConNP)
  • 1.D.70 Семейство металлических (Au / Ag / Pt / графен) нанопор (MetNP)
  • 1.D.71 Семейство синтетических пептидов TP359 (TP359)
  • 1.D.72 Семейство триазиновых рецепторов на основе хлорид-носителя (CCTTR)
  • 1.D.73 Семейство мезопористых нанопор кремнезема (SilNP)
  • 1.D.74 Семейство синтетических жестких п-октифенилстейв-пор (SSROP), чувствительных к стимулам

1.E Холинс

1.F Слияние пузырьков поры

  • 1.F.1 Семейство пор слияния синаптосомных пузырьков (SVF-Pore)
  • 1.F.2 Семейство октамерных экзоцист (экзоцист)

1.G Вирусный синтез поры

  • 1.G.1 Семейство вирусных порообразующих мембранных слитых белков-1 (VMFP1)
  • 1.G.2 Семейство вирусных порообразующих мембранных слитых белков-2 (VMFP2)
  • 1.G.3 Семейство вирусных порообразующих мембранных слитых белков-3 (VMFP3)
  • 1.G.4 Семейство вирусных порообразующих мембранных слитых белков-4 (VMFP4)
  • 1.G.5 Семейство вирусных порообразующих мембранных слитых белков-5 (VMFP5)
  • 1.G.6 Семейство слитых белков гепаднавируса S (белок HBV-S)
  • 1.G.7 Семейство FAST Fusion Protein (R-FAST) реовируса
  • 1.G.8 Семейство слитых белков аренавируса (AV-FP)
  • 1.G.9 Семейство синцитина (синцитина)
  • 1.G.10 Семейство комплексов слияния мембран вируса простого герпеса (HSV-MFC)
  • 1.G.11 Семейство протеиновых комплексов входа в клетки поксвируса (PEP-C)
  • 1.G.12 Семейство слитого белка gp95 вируса лейкоза птиц (ALV-gp95)
  • 1.G.13 Семейство малых трансмембран, связанных с слиянием ортореовирусов (FAST)
  • 1.G.14 Семейство гемагглютинин вируса гриппа / слитый порообразующий белок (Influenza-H / FPP)
  • 1.G.15 Семейство гликопротеинов GP64 (GP64) основной оболочки вируса ядерного полиэдроза Autographa californica
  • 1.G.16 Семейство гибридных пептидов вируса иммунодефицита человека типа 1 (ВИЧ-1) (ВИЧ-FP)
  • 1.G.17 Семейство гликопротеинов оболочки вируса лейкемии крупного рогатого скота (BLV-Env)
  • 1.G.18 Пептид слияния SARS-CoV в семействе предшественников гликопротеинов Spike (SARS-FP)
  • 1.G.19 Семейство ротавирусных комплексов слияния порообразующих мембран (Rotavirus MFC)
  • 1.G.20 Семейство гликопротеинов слияния с оболочкой Gc хантавируса (Gc-EFG)
  • 1.G.21 Семейство вирусов Эпштейна-Барра (вирус герпеса человека 4) Gp42 (Gp42)
  • 1.G.22 Семейство гликопротеинов gO (gO) цитомегаловируса (вируса герпеса человека 5)

1.H Парацеллюлярные каналы

  • 1.H.1. Claudin Tight Junction (Claudin1) Семья
  • 1.H.2 Семейство беспозвоночных PMP22-Claudin (Claudin2)

1.I Мембранные каналы

2. Электрохимические транспортеры, управляемые потенциалом

2.А носильщики (унипортеры, сторонники, антипортеры)

2.B Нерибосомно синтезированные портеры

  • 2.B.1. Валиномицин Семья Перевозчиков
  • 2.B.2. Моненсин Семья
  • 2.B.3. Нигерицин Семья
  • 2.B.4. Макротетролид Семья антибиотиков (МА)
  • 2.B.5 Семейство макроциклических полиэфиров (MP)
  • 2.B.6. Иономицин Семья
  • 2.B.7 Семейство трансмембранной α-спиральной транслокации фосфолипидов (TMP-PLT)
  • 2.B.8. Бафиломицин Семья A1 (бафиломицин)
  • 2.B.9. Проникающий в клетки пептид (CPP) Функциональное семейство
  • 2.B.10 Синтетический CPP, Транспортный Семья
  • 2.B.11. Кальцимицин или A23187 Семейство ионофоров-носителей
  • 2.B.12. Салиномицин Семья
  • 2.B.13 Семейство тетрапирролических макроциклических анионных антипортеров (TPMC-AA)
  • 2.B.14 Семейство ласалоцидов A или X-537A Ionophore (Lasalocid)
  • 2.B.15 Семейство хлорид-носителей на основе трис-тиомочевины (TTT-CC)
  • 2.B.16 Семейство сложных анионных носителей, содержащих галогеновые связи (HCAC)
  • 2.B.17 Производное изофталаминда H+: Cl Семейство ко-транспортеров (IDC)
  • 2.B.18 Производное пиридин-2,6-дикарбоксамина (PDCA) H +: Cl Семья совместного транспортера
  • 2.B.19 Семейство производных пиррола (C4P) Calix (4)
  • 2.B.20 Семейство продигиозина (продигиозина) хлорида / бикарбонатного обменника
  • 2.B.21 Семейство производных анионов орто-фенилендиамин-бис-мочевины (oPDA-U)
  • 2.B.22 Семейство транспортеров анионов, функционализированных имидазолием (IAT)
  • 2.B.23. Гомотетрамерный трансмембранный цинк.2+/ Co2+: Proton Synthetic Antiporter, семейство рокеров (рокеров)
  • 2.B.24 Семейство 2,6-бис (бензимидазол-2-ил) пиридин-анион-носитель (BBP-AC)
  • 2.B.25 Семейство пептид-опосредованных липидных триггеров (PLFF)
  • 2.B.26 Семейство бис (имидазолил) -функционализированных бис (холоил) конъюгатов (BIBCC)
  • 2.B.27 Семейство транспортеров трис-мочевины-аниона
  • 2.B.29 Анионофорный морской алкалоид Тамбджамин Семья

2.C Блоки питания с ионным градиентом

  • 2.C.1 Семейство дополнительных белков TonB-ExbB-ExbD / TolA-TolQ-TolR (TonB) для активации активного транспорта, опосредованного рецепторами внешней мембраны (OMR)

3. Первичные активные транспортеры

3.А. Транспортеры, управляемые гидролизом P-P-связи

  • 3.A.1 Автовозы ABC включая BtuCD, переносчик захвата молибдата, Регулятор трансмембранной проводимости при муковисцидозе и другие
  • 3.A.2 Буква H+- или Na+-переносящий АТФаза F-типа, АТФаза V-типа и суперсемейство АТФазы А-типа
  • 3.A.3 АТФаза P-типа Надсемейство
  • 3.A.4 Истечение арсенит-антимонита семья
  • 3.A.5 Общий секреторный путь (Сек) Translocon (препротеинтранслоказа SecY)
  • 3.A.6 Семейство секреторных путей типа III (связанных с вирулентностью) (IIISP)
  • 3.A.7 Семейство секреторных путей (IVSP) типа IV (конъюгальный перенос ДНК-белок или VirB)
  • 3.A.8 Семейство митохондриальных протеинтранслоказ (MPT)
  • 3.A.9 Семейство транслоказ белков оболочки хлоропластов (CEPT или Tic-Toc)
  • 3.A.10 ЧАС+, Na+-транслоцирующая пирофосфатаза семья
  • 3.A.11 Семейство транспортеров трансформации ДНК, связанных с компетентностью бактерий (ДНК-Т)
  • 3.A.12 Семейство транслокаторов ДНК перегородки (S-ДНК-T)
  • 3.A.13 Семейство экспортеров нитчатых фагов (FPhE)
  • 3.A.14 Семейство фимбрилина / экспортеров белка (FPE)
  • 3.A.15 Семейство главных терминальных ветвей (MTB), секретирующих белок внешней мембраны
  • 3.A.16 Семейство эндоплазматических ретикулярных ретротранслоконов (ER-RT)
  • 3.A.17 Семейство инъектисомов Фага Т7 (T7 Injectisome)
  • 3.A.18 Семейство ядерных экспортеров мРНК (мРНК-E)
  • 3.A.19 Семейство комплексов распознавания / вставки TMS (TRC)
  • 3.A.20 Семейство импортеров пероксисомального белка (ИПП)
  • 3.A.21 Семейство комплексов биогенеза / встраивания белков с заякоренной хвостом мембраны (TAMP-B)
  • 3.A.22 Семейство экспортных комплексов ядерной мРНК TREX / TAP, связанных с транскрипцией (TREX)
  • 3.A.23 Семейство симбиоза / секреторного пути вирулентности (VISP) типа VI
  • 3.A.24 Тип VII или семейство систем секреции белка ESX (T7SS)
  • 3.A.25 Семейство ERAD-подобных машин для симбионтов (SELMA)
  • 3.A.26 Семейство Plasmodium Translocon экспортируемых белков (PTEX)

3.B Транспортеры, управляемые декарбоксилированием

  • 3.B.1 Na+-транспортное семейство декарбоксилазы карбоновых кислот (NaT-DC)

3.C Транспортёры с переносом метилового эфира

  • 3.C.1 Na+ Транспортировка метилтетрагидрометаноптерина: семейство метилтрансферазы коэнзима М (NaT-MMM)

3.D. Транспортеры с окислительным восстановлением

В их состав входит ряд трансмембранных цитохром b-подобные белки, включая коэнзим Q - цитохром с редуктаза (цитохром bc1); комплекс цитохрома b6f; формиатдегидрогеназа, респираторная нитратредуктаза; сукцинат - кофермент Q редуктаза (фумаратредуктаза); и сукцинатдегидрогеназа. Увидеть электронная транспортная цепь.

  • 3.D.1 H+ или Na+-транслокация НАДН-дегидрогеназа («комплекс I») семья
  • 3.D.2 Семейство протон-транслоцирующих трансгидрогеназ (ПТГ)
  • 3.D.3 Хинол, переносящий протоны: цитохром с редуктаза) Надсемейство
  • 3.D.4 Цитохромоксидаза, переносящая протоны (COX) Надсемейство
  • 3.D.5 На+-транслоцирующий НАДН: семейство хинондегидрогеназ (Na-NDH или NQR)
  • 3.D.6 Предполагаемый ион (H+ или Na+) -транслоцирующий NADH: семейство ферредоксиноксидоредуктазы (NFO или RNF)
  • 3.D.7 H2: Семейство гетеродисульфид оксидоредуктазы (HHO)
  • 3.D.8 На+- или H+- Перекачивание семейства формилметанофурандегидрогеназ (FMF-DH)
  • 3.D.9 H+-транслоцирующая F420H2-дегидрогеназа (F420H2DH) Семейство
  • 3.D.10 Семейство прокариотических сукцинатдегидрогеназ (SDH)

3.E. Светопоглощающие транспортеры

4. Групповые транслокаторы

4.А групповые транслокаторы, управляемые фосфопереносом

  • 4.A.1 Семейство PTS глюкоза-глюкозид (Glc)
  • 4.A.2 Семейство PTS фруктоза-маннит (Fru)
  • 4.A.3 Семейство PTS лактоза-N, N'-диацетилхитобиоза-β-глюкозид (Lac)
  • 4.A.4 Семейство PTS Glucitol (кишечник)
  • 4.A.5 Семейство PTS Galactitol (Gat)
  • 4.A.6 Семейство PTS манноза-фруктоза-сорбоза (мужчина)
  • 4.A.7 Семейство PTS L-аскорбата (L-Asc)

4.B Переносчики захвата никотинамид-рибонуклеозида

  • 4.B.1 Семейство пермеаз захвата никотинамид рибонуклеозидов (NR) (PnuC)

4.C Транспортеры, связанные с ацил-КоА-лигазой

  • 4.C.1 Предлагаемое семейство переносчиков жирных кислот (FAT)
  • 4.C.2 Семейство карнитин-O-ацилтрансферазы (CrAT)
  • 4.C.3 Семейство ацил-КоА-тиоэстеразы (AcoT)

4.D полисахарид-синтаза / экспортеры

  • 4.D.1 Семейство предполагаемой векторной гликозильной полимеризации (VGP)
  • 4.D.2 Семейство гликозилтрансферазы 2 (GT2)
  • 4.D.3 Семейство гликан-глюкозилтрансфераз (OpgH)

4.E. Групповые транслокаторы, катализируемые вакуолярными полифосфат-полимеразой

  • 4.E.1 Семейство вакуолярных (ацидокальцисом) полифосфат-полимераз (V-PPP)

5. Транспортные носители электронов

5. Трансмембранные переносчики 2-х электронов

  • 5.A.1 Семейство оксидоредуктазы D с дисульфидной связью (DsbD)
  • 5.A.2 Семейство оксидоредуктазы B с дисульфидной связью (DsbB)
  • 5.A.3 Семейство прокариотических молибдоптерин-содержащих оксидоредуктаз (PMO)

5.B Трансмембранные переносчики 1-электрона

  • 5.B.1 Семейство НАДФН-оксидазы фагоцитов (gp91phox)
  • 5.B.2 Семейство эукариотических цитохромов b561 (Cytb561)
  • 5.B.3 Семейство Geobacter Nanowire Electron Transfer (G-NET)
  • 5.B.4 Семейство суперкомплексов фотосистемы I растений (PSI)
  • 5.B.5 Семейство внеклеточных оксидоредуктаз металлов (EMOR)
  • 5.B.6 Семейство трансмембранных эпителиальных антигенов протеин-3 железоредуктазы (STEAP)
  • 5.B.7 Семья ЕдЗ (ЕдЗ)
  • 5.B.8 Семейство порин / цитохромных комплексов транс-наружной мембраны для переноса электронов (ET-PCC)
  • 5.B.9 Семейство порин-цитохром c (Cyc2)

8. Дополнительные факторы, связанные с транспортировкой.

8.A Вспомогательные транспортные белки

8.B Белковые / пептидные токсины, синтезированные рибосомами, нацелены на каналы и носителей

8.C Нерибосомно синтезированные токсины, нацеленные на каналы и носителей

9. Не полностью охарактеризованные транспортные системы.

9.A Признанные переносчики неизвестного биохимического механизма

9.B Предполагаемые транспортные белки

9.C Функционально охарактеризованные транспортеры без идентифицированных последовательностей

использованная литература

  1. ^ Saier, Milton H .; Reddy, Vamsee S .; Tamang, Dorjee G .; Вестермарк, Оке (январь 2014 г.). «База данных классификации транспортеров». Исследования нуклеиновых кислот. 42 (D1): D251 – D258. Дои:10.1093 / nar / gkt1097. ЧВК 3964967. PMID 24225317. Получено 1 марта 2016.
  2. ^ Saier, M. H .; Yen, M. R .; Не хорошо.; Tamang, D.G .; Элкан, К. (1 января 2009 г.). «База данных классификации транспортеров: последние достижения». Исследования нуклеиновых кислот. 37 (База данных): D274 – D278. Дои:10.1093 / nar / gkn862. ЧВК 2686586. PMID 19022853. Получено 1 марта 2016.
  3. ^ Saier, M. H .; Tran, C.V .; Баработе, Р. Д. (1 января 2006 г.). «TCDB: База данных классификации транспортеров для анализа и информации о мембранных транспортных белках». Исследования нуклеиновых кислот. 34 (90001): D181 – D186. Дои:10.1093 / nar / gkj001. ЧВК 1334385. PMID 16381841. Получено 1 марта 2016.

внешние ссылки