WikiDer > SOX4

SOX4
Доступные конструкции
PDB	Поиск ортолога: PDBe RCSB
Список идентификационных кодов PDB
	3U2B
Идентификаторы
Псевдонимы	SOX4, EVI16, SRY-box 4, SRY-box транскрипционный фактор 4, CSS10
Внешние идентификаторы	OMIM: 184430 MGI: 98366 ГомолоГен: 2338 Генные карты: SOX4
Расположение гена (человек)
Chr.	Хромосома 6 (человек)
Конец	21,598,619 бп
Расположение гена (Мышь)
Chr.	Хромосома 13 (мышь)
Конец	28,953,713 бп
Экспрессия РНК шаблон
	; ; ; ;
	Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология
Молекулярная функция	• Связывание ДНК; • GO: 0001105 активность коактиватора транскрипции; • GO: 0001077, GO: 0001212, GO: 0001213, GO: 0001211, GO: 0001205 Активность ДНК-связывающего активатора транскрипции, специфично для РНК-полимеразы II; • связывание ДНК, специфичное для последовательности регуляторной области транскрипции; • Связывание ДНК, специфичное для последовательности основного промотора; • GO: 0001948 связывание с белками; • активность гетеродимеризации белков; • GO: 0001131, GO: 0001151, GO: 0001130, GO: 0001204 Активность ДНК-связывающего фактора транскрипции; • GO: 0001200, GO: 0001133, GO: 0001201 Активность ДНК-связывающего фактора транскрипции, специфично для РНК-полимеразы II; • GO: 0000980 Связывание ДНК, специфичное для последовательности цис-регуляторной области РНК-полимеразы II;
Сотовый компонент	• цитоплазма; • нуклеоплазма; • митохондрия; • ядро клетки;
Биологический процесс	• развитие скелетной системы; • дифференцировка норадренергических нейронов; • Ответ на повреждение ДНК, передача сигнала медиатором класса p53, приводящая к остановке клеточного цикла; • формирование сердечного желудочка; • развитие глиальных клеток; • регуляция транскрипции, ДНК-шаблон; • формирование зачатка конечностей; • регулирование стабильности белка; • развитие симпатической нервной системы; • поддержание популяции соматических стволовых клеток; • гомеостаз глюкозы; • положительная регуляция канонического сигнального пути Wnt; • морфогенез межжелудочковой перегородки; • стабилизация белка; • морфогенез восходящей аорты; • отрицательная регуляция гибели клеток; • морфогенез митрального клапана; • положительное регулирование перевода; • транскрипция, ДНК-шаблон; • дифференцировка нейроэпителиальных клеток; • позитивная регуляция транскрипции, ДНК-шаблон; • положительная регуляция сигнального пути Wnt; • отрицательная регуляция убиквитинирования белков; • развитие сердца; • дифференцировка про-В-клеток; • морфогенез первичной перегородки предсердий; • Дифференцировка Т-клеток; • морфогенез почек; • положительное регулирование пролиферации клеток; • развитие спинного мозга; • положительная регуляция апоптотического процесса; • пролиферация глиальных клеток; • канонический путь передачи сигналов Wnt; • положительное регулирование N-концевого ацетилирования пептидил-лизина; • дифференциация моторных нейронов спинного мозга; • морфогенез правого желудочка сердца; • формирование нервной трубки; • клеточный ответ на стимул глюкозы; • эндокринное развитие поджелудочной железы; • отрицательное регулирование пролиферации клеток; • положительное регулирование секреции инсулина; • положительная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II; • Ответ на повреждение ДНК, обнаружение повреждения ДНК; • транскрипция с промотора РНК-полимеразы II; • дифференциация клеток;
	Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
	6659
	20677
	ENSG00000124766
	ENSMUSG00000076431
	Q06945
	Q06831
	NM_003107
	NM_009238
	NP_003098
	NP_033264
	Викиданные
Просмотр / редактирование человека	Просмотр / редактирование мыши

SOX4

Фактор транскрипции SOX-4 это белок что у людей кодируется SOX4 ген.^[5]^[6]^[7]

Функция

Этот безинтронный ген кодирует члена семейства транскрипционных факторов SOX (SRY-related HMG-box), участвующих в регуляции эмбрионального развития и в определении судьбы клетки. Кодируемый белок может действовать как регулятор транскрипции после образования белкового комплекса с другими белками, такими как белок, связывающий синдекан (синтенин). Белок может функционировать в пути апоптоза, приводя к гибели клеток, а также к онкогенезу и может опосредовать последующие эффекты паратироидного гормона (PTH) и PTH-родственного белка (PTHrP) на развитие костей. Структура раствора была разрешена для HMG-бокса аналогичного мышиного белка.^[7]

Sox4 экспрессируется в лимфоцитах (B и T) и необходим для развития B-лимфоцитов.^[8]

Клиническое значение

Область генома, близкая к SOX4 ген был связан с развитием рака эндометрия.^[9]^[10]

Взаимодействия

SOX4 был показан взаимодействовать с участием SDCBP.^[11]

Смотрите также

Семейство генов SOX

использованная литература

^ ^а ^б ^c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000124766 - Ансамбль, Май 2017
^ ^а ^б ^c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000076431 - Ансамбль, Май 2017
^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
^ Фарр CJ, Easty DJ, Ragoussis J, Collignon J, Lovell-Badge R, Goodfellow PN (январь 1994). «Характеристика и картирование человеческого гена SOX4». Геном млекопитающих. 4 (10): 577–84. Дои:10.1007 / BF00361388. PMID 8268656. S2CID 12096721.
^ Кричер Р., Стисон Р., Уэйд-Мартинс Р., Исти Д. Д., Фарр С. Джей (октябрь 1998 г.). «Отнесение Sox4 к полосам A3-A5 хромосомы 13 мыши с помощью флуоресцентной гибридизации in situ; уточнение местоположения SOX4 человека в 6p22.3 и SOX20 в хромосоме 17p12.3». Цитогенетика и клеточная генетика. 81 (3–4): 294–5. Дои:10.1159/000015052. PMID 9730625. S2CID 46849443.
^ ^а ^б "Entrez Gene: SOX4 SRY (область определения пола Y) -box 4".
^ Смит Э., Сигвардссон М. (июнь 2004 г.). «Роли факторов транскрипции в приверженности, развитии и трансформации В-лимфоцитов». Журнал биологии лейкоцитов. 75 (6): 973–81. Дои:10.1189 / jlb.1103554. PMID 14982952. S2CID 6805071.
^ О'Мара Т.А., Глубб Д.М., Амант Ф., Аннибали Д., Эштон К., Аттиа Дж., Ауэр П.Л., Бекманн М.В. и др. (Август 2018 г.). «Идентификация девяти новых локусов восприимчивости к раку эндометрия». Nature Communications. 9 (1): 3166. Bibcode:2018НатКо ... 9.3166O. Дои:10.1038 / s41467-018-05427-7. ЧВК 6085317. PMID 30093612.
^ Чен М.М., О'Мара Т.А., Томпсон Д.Д., Художник Дж. Н., Аттиа Дж., Блэк А. и др. (Июнь 2016). «Метаанализ GWAS 16 852 женщин выявил новый локус восприимчивости к раку эндометрия». Молекулярная генетика человека. 25 (12): 2612–2620. Дои:10.1093 / hmg / ddw092. ЧВК 5868213. PMID 27008869.
^ Гейссен Н., Уингс И.Дж., Пальс К., Армстронг Дж., Маккиннон М., Рааймейкерс Дж. А., Ламмерс Дж. В., Кендерман Л., Коффер П.Дж. (август 2001 г.). «Цитокин-специфическая регуляция транскрипции посредством белка, взаимодействующего с IL-5Ralpha». Наука. 293 (5532): 1136–8. Дои:10.1126 / science.1059157. PMID 11498591. S2CID 28003281.

дальнейшее чтение

Камачи Ю., Утикава М., Кондо Х. (апрель 2000 г.). «Объединение SOX: с партнерами в регуляции эмбрионального развития». Тенденции в генетике. 16 (4): 182–7. Дои:10.1016 / S0168-9525 (99) 01955-1. PMID 10729834.
Боулз Дж., Шеперс Дж., Купман П. (ноябрь 2000 г.). «Филогения семейства SOX факторов транскрипции развития на основе последовательностей и структурных индикаторов». Биология развития. 227 (2): 239–55. Дои:10.1006 / dbio.2000.9883. PMID 11071752.
Уилсон М., Купман П. (август 2002 г.). «Соответствие SOX: белки-партнеры и кофакторы семейства SOX регуляторов транскрипции». Текущее мнение в области генетики и развития. 12 (4): 441–6. Дои:10.1016 / S0959-437X (02) 00323-4. PMID 12100890.
Schepers GE, Teasdale RD, Koopman P (август 2002 г.). «Двадцать пар sox: степень, гомология и номенклатура семейств генов фактора транскрипции sox мыши и человека». Клетка развития. 3 (2): 167–70. Дои:10.1016 / S1534-5807 (02) 00223-X. PMID 12194848.
Денни П., Свифт С., Бренд N, Дабхад Н., Бартон П., Эшворт А. (июнь 1992 г.). «Консервативное семейство генов, связанных с геном, определяющим яички, SRY». Исследования нуклеиновых кислот. 20 (11): 2887. Дои:10.1093 / nar / 20.11.2887. ЧВК 336939. PMID 1614875.
Уоттон Д., Лейк РА, Фарр С.Дж., Оуэн М.Дж. (март 1995 г.). «Фактор транскрипции группы высокой подвижности, SOX4, трансактивирует человеческий энхансер CD2». Журнал биологической химии. 270 (13): 7515–22. Дои:10.1074 / jbc.270.13.7515. PMID 7706298.
ван де Ветеринг М., Остервегель М., ван Норрен К., Клеверс Н. (октябрь 1993 г.). «Sox-4, Sry-подобный белок HMG box, является активатором транскрипции в лимфоцитах». Журнал EMBO. 12 (10): 3847–54. Дои:10.1002 / j.1460-2075.1993.tb06063.x. ЧВК 413668. PMID 8404853.
van Houte LP, Chuprina VP, van der Wetering M, Boelens R, Kaptein R, Clevers H (декабрь 1995 г.). «Структура раствора специфичного для последовательности HMG-бокса активатора транскрипции лимфоцитов Sox-4». Журнал биологической химии. 270 (51): 30516–24. Дои:10.1074 / jbc.270.51.30516. PMID 8530483.
Ан С.Г., Чо Г.Х., Чон Си, Рим Х., Чой Дж.Й., Ким И.К. (июнь 1999 г.). «Идентификация кДНК для Sox-4, белка HMG-Box и нового человеческого гомолога дрожжевого фактора сплайсинга SSF-1, дифференциально регулируемого во время апоптоза, индуцированного простагландином A2 / delta12-PGJ2 в клетках Hep3B». Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях. 260 (1): 216–21. Дои:10.1006 / bbrc.1999.0856. PMID 10381369.
ван Бист М., Дойжес Д., ван Де Ветеринг М., Кьерульф С., Бонвин А., Нильсен О., Клеверс Х. (сентябрь 2000 г.). «Специфичные для последовательности факторы группового бокса с высокой подвижностью распознают мотивы малой бороздки из 10-12 пар оснований». Журнал биологической химии. 275 (35): 27266–73. Дои:10.1074 / jbc.M004102200. PMID 10867006.
Reppe S, Rian E, Jemtland R, Olstad OK, Gautvik VT, Gautvik KM (декабрь 2000 г.). «Информационная РНК Sox-4 экспрессируется в пластинке эмбрионального роста и регулируется через рецептор белка, связанного с паратироидным гормоном / паратироидным гормоном, в остеобластоподобных клетках». Журнал исследований костей и минералов. 15 (12): 2402–12. Дои:10.1359 / jbmr.2000.15.12.2402. PMID 11127205. S2CID 2013715.
Гейссен Н., Уингс И.Дж., Палс К., Армстронг Дж., Маккиннон М., Рааймейкерс Дж. А., Ламмерс Дж. В., Кендерман Л., Коффер П.Дж. (август 2001 г.). «Цитокин-специфическая регуляция транскрипции посредством белка, взаимодействующего с IL-5Ralpha». Наука. 293 (5532): 1136–8. Дои:10.1126 / science.1059157. PMID 11498591. S2CID 28003281.
Ли CJ, Appleby VJ, Орм А.Т., Чан В.И., Скоттинг П.Дж. (май 2002 г.). «Дифференциальная экспрессия SOX4 и SOX11 в медуллобластоме». Журнал нейроонкологии. 57 (3): 201–14. Дои:10.1023 / А: 1015773818302. PMID 12125983. S2CID 20719302.
Ан С.Г., Ким Х.С., Чон С.В., Ким Би, Рим Х., Шим Дж.Й., Ким Дж. У., Ли Дж. Х., Ким И. К. (июль 2002 г.). «Sox-4 является положительным регулятором апоптоза клеток Hep3B и HepG2, индуцированного простагландином (PG) A (2) и дельта (12) -PGJ (2)». Экспериментальная и молекулярная медицина. 34 (3): 243–9. Дои:10.1038 / emm.2002.34. PMID 12216117.

внешние ссылки

SOX4 + белок, + человек в Национальной медицинской библиотеке США Рубрики медицинской тематики (MeSH)

Эта статья включает текст из Национальная медицинская библиотека США, который находится в всеобщее достояние.

Эта статья о ген на хромосома человека 6 это заглушка. Вы можете помочь Википедии расширяя это.

[refGRCh38Ensembl-1] а ^б ^c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000124766 - Ансамбль, Май 2017

[refGRCm38Ensembl-2] а ^б ^c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000076431 - Ансамбль, Май 2017

[3] "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[4] "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[pmid8268656-5] Фарр CJ, Easty DJ, Ragoussis J, Collignon J, Lovell-Badge R, Goodfellow PN (январь 1994). «Характеристика и картирование человеческого гена SOX4». Геном млекопитающих. 4 (10): 577–84. Дои:10.1007 / BF00361388. PMID 8268656. S2CID 12096721.

[pmid9730625-6] Кричер Р., Стисон Р., Уэйд-Мартинс Р., Исти Д. Д., Фарр С. Джей (октябрь 1998 г.). «Отнесение Sox4 к полосам A3-A5 хромосомы 13 мыши с помощью флуоресцентной гибридизации in situ; уточнение местоположения SOX4 человека в 6p22.3 и SOX20 в хромосоме 17p12.3». Цитогенетика и клеточная генетика. 81 (3–4): 294–5. Дои:10.1159/000015052. PMID 9730625. S2CID 46849443.

[entrez-7] а ^б "Entrez Gene: SOX4 SRY (область определения пола Y) -box 4".

[pmid14982952-8] Смит Э., Сигвардссон М. (июнь 2004 г.). «Роли факторов транскрипции в приверженности, развитии и трансформации В-лимфоцитов». Журнал биологии лейкоцитов. 75 (6): 973–81. Дои:10.1189 / jlb.1103554. PMID 14982952. S2CID 6805071.

[9] О'Мара Т.А., Глубб Д.М., Амант Ф., Аннибали Д., Эштон К., Аттиа Дж., Ауэр П.Л., Бекманн М.В. и др. (Август 2018 г.). «Идентификация девяти новых локусов восприимчивости к раку эндометрия». Nature Communications. 9 (1): 3166. Bibcode:2018НатКо ... 9.3166O. Дои:10.1038 / s41467-018-05427-7. ЧВК 6085317. PMID 30093612.

[10] Чен М.М., О'Мара Т.А., Томпсон Д.Д., Художник Дж. Н., Аттиа Дж., Блэк А. и др. (Июнь 2016). «Метаанализ GWAS 16 852 женщин выявил новый локус восприимчивости к раку эндометрия». Молекулярная генетика человека. 25 (12): 2612–2620. Дои:10.1093 / hmg / ddw092. ЧВК 5868213. PMID 27008869.

[pmid11498591-11] Гейссен Н., Уингс И.Дж., Пальс К., Армстронг Дж., Маккиннон М., Рааймейкерс Дж. А., Ламмерс Дж. В., Кендерман Л., Коффер П.Дж. (август 2001 г.). «Цитокин-специфическая регуляция транскрипции посредством белка, взаимодействующего с IL-5Ralpha». Наука. 293 (5532): 1136–8. Дои:10.1126 / science.1059157. PMID 11498591. S2CID 28003281.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

Navigation